App Str-01 分子结构模拟

在计算机分子模拟理论方面，本团队具有雄厚的实力及丰富的从业经验，能够在很短的时间内搭建起计算机酶分子改造平台，并以此为基础完成高质量的蛋白质结构模建、结合模式预测、分子对接以及蛋白质设计工作。除了掌握业界常用的各种主流蛋白质模拟软件的理论原理及操作，我们还拥有多款原创的分子模拟程序，可以完成各种特有的、高效的分子改造工作。
 

分子对接

掌握分子对接技术，可进行小分子、蛋白质、DNA、RNA等多种形式的分子对接，以及小分子数据库的虚拟筛选。所用软件涉及Autodock、GOLD、SurFlex、Z-Dock、RosettaDock、Hex等学术和商业软件以及自行开发的对接软件。

分子动力学模拟

掌握MD模拟技术，可进行蛋白、蛋白-小分子、蛋白-DNA/RNA、DNA/RNA及蛋白-生物膜等多种生物学体系的分子动力学模拟研究。所用软件涉及NAMD、Gromacs、Amber、CHARMm等主流MD模拟程序以及自行开发的模拟程序。

同源模建与从头预测

掌握蛋白质同源模建及球蛋白和跨膜蛋白的从头预测技术，在同源性高于30%时，可利用同源模建技术获得较高精度的模型；若无较好的同源模板可用，则可利用从头预测技术对目标蛋白的结构进行预测。在蛋白质模建中，我们对于抗体的模建尤其准确，除去重链的CDR-3区以外，模建结构与晶体结构间的均方根偏差（RMSD）可控制在2Å以内；重链CDR-3区与晶体结构间的RMSD视其序列长度的不同而不同，当其序列长度小于10个残基时，平均RMSD可控制在2.5-3Å之内。高精度的模建技术是计算机辅助抗体设计成功的保障。以EGFR单克隆抗体Cetuximab为例，其与EGFR复合模型如图8所示。该模型很好的反映出了Cetuximab与EGFR的结合模式，因此为基于Cetuximab的改造提供了良好的技术支持。

结合位点预测

开发了有效的结合位点/活性位点预测技术，可以较准确的预测出蛋白的结合活性位点，或其维持稳定性的关键位点。

图 Cetuximab单克隆抗体与EGFR复合物模型
 

蛋白质设计

综合应用以上技术手段，我们可以很容易的对包括抗体在内的蛋白质与底物的特异性、亲和力及其自身稳定性等性质进行改造。

小分子设计

掌握基于受体（分子对接和基于受体的从头设计、药效团模型）、基于配体的药物设计（3D-QSAR，药效团模型）方法及ADMET预测等常用的药物小分子设计方法。
 

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