SSAM-06：pri-microRNA 基因预测

本方案将采用双向BLAST和synteny分析识别保守与非保守的pre-miRNA。并分析pre-miRNA侧翼序列用以识别pri-miRNA的5’和3’边界。分析pri-miRNA的侧翼序列长度与边界在同源miRNA中的分布情况。注释pri-miRNA的结构，及其pre-miRNA。pri-miRNA在物种间的保守性。分析预测的pri-miRNA的上游序列、下游序是否与启动子调控序列向关联。 

 

分析方法与步骤：（1）pre-miRNA序列获取：分析具有注释的pre-miRNA在基因组中的定位，进而确定miRNA与编码蛋白基因进而已具有注释基因的覆盖率。（2）miRNA的保守性分析：syntenyanalysis，pre-miRNA的邻近基因与在其他物种中的pre-miRNA的同源基因序列匹配；针对某物种中的保守的和非保守性pre-miRNA分别进行考察。（3）获取pre-miRNA侧翼序列区域，对于intergenicmiRNA,如果他与任意邻接的转录本序列重叠,我们截取掉侧翼序列区域。（4）转录特征提取，分析7种转录特征：转录起始位点(TSS),CpG岛，ESTs，cDNA，polyA信号，5’CAGE和GIS-PET。这些特征用来预测别pri-miRNA的5’和3’边界。intronicmiRNAs一般被认为是与hostgene一起被转录的。pri-miRNA在这种情况下就是host编码蛋白的转录本。因此这类intergeneticmiRNA被识别预测出来。pri-miRNA的5’端可以根据靠近上游侧翼序列区域的TSS，CpG，和5’CAGEtag预测匹配得到注释。类似的，3’端可以根据下游序列区域上的polyA信号和3’ditags得以区分。同时，通过EST和cDNA分析比对，ETS和cDNA可以提供对应的转录证据。zei终，预测得到的pri-miRNA可以用于进一步考察和启动子相关的调控序列。 



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MicroRNA(miRNA)是具有调控基因表达功能的非编码RNA，通常长度为~22nt，在基因表达的转录后调控水平发挥重要功能。成熟的miRNA是从较长的具有局部颈环解结构(stemloop-hairpin)的RNA序列加工而成。miRNA的生物产生机制途径zei先发生与细胞核中的RNaseIII酶Drosha对pri-miRNA的颈环处碱基进行剪切，并生成~70-90bp的pre-miRNA发卡结构。pre-miRNA被转运至细胞质中，进一步由Dicer（RNaseIIIendonuclease）加工。Dicer识别双链RNA靠近颈环处的碱基并分离双链，产生两条单链，而其中一条链成为miRNA而互不的那条链则被降解。成熟miRNA序列一旦被释放生成，它将与mRNA的3’UTR的局部序列互补配对，并通过降解mRNA和抑制mRNA翻译而达到调控基因表达的目的。

miRNA是一类重要的基因表达调控因子，通常主要参与靶基因翻译的抑制过程，同时zei近研究也表明miRNA在哺乳动物细胞系统中的主要功能是降低靶基因mRNA的水平。每种保守的哺乳动物的miRNA都调控着数百个不同的靶基因，显示出调控系统的复杂性和系统性。因此，miRNA现在被认为是与转录因子同样重要的调控细胞蛋白质成分的重要分子。同样的，miRNA基因也受到精确的转录调节，并与后续的靶基因作用形成跟完整和系统的分子作用网络。 

 

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