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RSAM-17 转录组进化分析-基于转录组序列的进化分析
本方案采用直系同源基因分析技术获得物种间存在的Ortholog基因对/簇(pairs/cluster),并采用多重序列比对分析技术分析物种间Ortholog基因对/簇序列的全局转录组进化距离,并构建进化树。方法可分别采用NJzei优临近和zei大似然法构建系统发生树。另外,本方案对于进化选择性进行分析。依据同源基因簇内的非同义替换(Ka)与同义替换(Ks)比率采用zei大似然法计算替换率,并判断正向进化基因。当Ka ⁄ Ks > 1,转录本趋向于正向选择。zei后,分析定位的正向选择基因的功能富集程度。
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