无标记定量：优点、应用与工具

在蛋白质组学研究中，定量分析是理解生物系统动态变化的关键环节。随着质谱技术的飞速发展，无标记定量（Label-free Quantification, LFQ）因其简洁高效的实验流程和广泛适用性，成为蛋白质定量的重要策略之一。

一、什么是无标记定量（Label-free Quantification）？

无标记定量是基于质谱信号强度或谱图计数的策略，在样品处理过程中不引入同位素或化学标签，通过比较不同样本中同一肽段的信号强度，实现蛋白质的相对定量。LFQ可分为两种主要方法：

• 基于峰强度（Intensity-based LFQ）：通过整合肽段的色谱峰面积，反映其丰度。
• 基于谱图计数（Spectral Counting）：通过统计匹配到目标蛋白的MS/MS谱图数，估算蛋白表达水平。

这一策略依赖高分辨率质谱和严格的定量算法，适合处理复杂生物样本，且无需复杂的前处理步骤。

二、无标记定量的主要优势

1、实验流程简洁，适合高通量分析

LFQ不需引入化学标签或稳定同位素，避免了标记步骤可能引起的样本损失或偏差。其标准化流程尤其适用于大样本量的定量项目，如多组学研究、疾病队列分析等。

2、样本兼容性强，适用范围广

无论是细胞、组织、血浆、尿液还是FFPE样本，LFQ均能适配不同类型样本，极大提升了蛋白质组学研究的灵活性。这一点在临床研究和真实世界样本分析中尤为关键。

3、无限制样本数，可灵活扩展

不同于TMT、iTRAQ等标记方法受通道数量限制，LFQ天然支持任意数量的样本比较，便于后续的样本扩增和生物重复设计。

4、数据重分析友好，支持长期积累

由于无标记方法不依赖特定的标签设计，原始数据可以随时用于后续的重分析或跨项目整合，这在长期研究和生物信息挖掘中具有重要意义。

三、LFQ的典型应用场景

1、疾病机制研究

LFQ可用于比较健康与患病组织之间的蛋白表达差异，帮助揭示潜在的疾病标志物与致病通路。

2、药物作用机制与靶点筛选

在药物研发过程中，LFQ可用于揭示药物处理前后细胞内蛋白表达的变化，辅助药物作用机制的解析和潜在靶点的发现。

3、多组学整合分析

LFQ常被用于与转录组、代谢组等其他组学数据整合，从多个维度理解生物系统的调控网络。

4、非模式生物研究

对于缺乏商业标记试剂的非模式生物，LFQ提供了无需专属试剂即可开展定量研究的可能，尤其适用于农业、环境和生态领域。

四、无标记定量的常用分析工具

1、MaxQuant

最广泛使用的LFQ数据处理软件之一，集成了Andromeda搜索引擎，支持基于峰强度的LFQ算法。其LFQ intensity输出可直接用于差异分析与可视化。

2、Proteome Discoverer（PD）

Thermo官方出品的软件平台，支持LFQ功能模块，可实现对原始数据的自动化处理、对照组差异筛选等分析。

3、DIA-NN / Spectronaut

在DIA数据分析中，这些工具也支持无标记定量，结合机器学习算法提升肽段定量的准确性和灵敏度。

4、MSstats

R语言下的专业蛋白质定量统计分析包，适用于MaxQuant、PD等平台导出的数据，可进行标准化、差异分析、可视化等操作。

五、百泰派克生物科技在无标记定量中的技术优势

在百泰派克生物科技，我们依托先进的质谱平台（如Orbitrap Exploris系列、timsTOF Pro 2）与成熟的LFQ分析流程，已为多家科研院所与生物医药企业提供高质量的无标记蛋白质组数据支持。

我们的核心优势包括：

• 高重复性与低批间差异：优化的样本前处理和数据标准化流程，确保实验结果稳定可靠。
• 生物信息深度挖掘：提供从差异分析、通路富集到网络构建的全流程服务。
• 灵活的项目定制：支持大样本量队列、多时间点追踪、样本类型混合等复杂实验设计。

如果您正在寻找一套高性价比、结果可重复、可拓展的数据解决方案，欢迎咨询我们了解更多LFQ项目合作详情。

无标记定量作为质谱蛋白组学中的核心技术之一，凭借其实验操作简便、样本适配性强、无样本数量限制等优势，已在基础研究、临床转化、药物开发等领域发挥广泛作用。配合日益成熟的数据分析工具，LFQ不仅是科研人员的高效助手，也为生物技术企业提供了稳健的技术支撑。在百泰派克生物科技，我们致力于以专业的服务与高标准的数据交付，赋能每一个蛋白组学研究项目。欢迎联系我们，共同探索蛋白质世界的奥秘。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

无标记定量：优点、应用与工具由北京百泰派克生物科技有限公司 为您提供，如您想了解更多关于无标记定量：优点、应用与工具报价、项目、资质、周期、参考标准等信息 ，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途。