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安捷伦科技（中国）有限公司
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为检验所选取的差异表达蛋白质或特征差异表达蛋白质的合理性和准确性，可以通过聚类分析将蛋白按照表达量的趋势聚合在一起，可以实现更为直观的蛋白质组学数据分析。
STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库，包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对，构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中，获得差异蛋白的相互作用关系信息。
随着蛋白质组学质谱分析技术的发展，蛋白质组学分析仪器精度不断提高，由此获得的数据也更多。虽然详细的蛋白质数据信息有利于对蛋白质组学进行更为深入的研究，但是高通量蛋白质组学检测生成的大量蛋白质样本数据也...
从以下4个方面对鉴定到的蛋白组数据进行质量评估：肽段匹配误差分布；肽段数量分布；肽段长度分布；蛋白质分子质量分布
基于统计学数据提供更精准的蛋白质差异分析，以发现在不同生理状态下和不同组织中的蛋白质水平表现的显著差异。
GO（Gene Ontology）是基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准，适用于各物种。通过建立一套具有动态形式的控制字集（controlled vocabulary），来描述基因及蛋白质在细胞内所扮演的角色，从而来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是系统分析基因产物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。KEGG该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据，包括代谢通路（PATHWAY）、药物（DRUG）、疾病（DISEASE）、基因序列（GENES）及基因组（GENOME）等。
