微生物基因组denovo测序

细菌denovo测序

细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同，最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品，最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果，可预测细菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。

根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，细菌基因组测序提供以下两种产品类型：细菌框架图、细菌完成图。

技术路线：

技术参数：

生物信息分析内容

1.数据质控

2.Denovo组装

3.基因组组分分析（基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体）

4.基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）

5.致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy）

6.比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）

真菌denovo测序

真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序，样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品，由于基因组较大且比较复杂，推荐先对真菌样品进行初级组装，再根据初级组装的结果进行高级组装，以提高组装质量。根据组装结果，可预测真菌基因组中包含的基因，通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。

根据不同的研究目的与需求，以及不同的组装程度需求，真菌基因组测序提供以下两种产品类型：真菌框架图、真菌精细图。

技术路线：

技术参数：

生物信息分析内容：

1、数据质控

2、Denovo组装

3、基因组组分分析（基因预测、重复序列、非编码RNA）

4、基因功能注释（COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot）

5、致病性分析（分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy）

6、比较基因组分析（共线性分析、Core-pan分析、进化分析）

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途