采用各种软件及数据库直接对数据进行分析，客户可提供现有实验检测数据或从数据库获得，设计分析方案，提供完整数据分析报告。


生物芯片分析

原始数据预处理及均一化

首先对原始数据进行信号值去除背景预处理，然后进行中值均一化。

差异microRNA筛选

采用统计学方法进行差异microRNA的筛选，一般比值大于2且t-test p<0.05的被认为是差异表达microRNA。

差异microRNA散点图

层次聚类分析

为了全面的直观的展示样品之间的关系及差异情况，将差异表达microRNA做Hierarchical cluster分析。

差异表达microRNA的层次聚类分析

MicroRNA的家族、基因座分类

有一些MicroRNA在基因组中成簇（cluster）分布。这些microRNA同步转录。由于转录后成熟过程的调节各异，因此成簇的microRNA成熟体的表达量略有不同。通过对成簇microRNA的分析，可以在cluster的水平考察microRNA的差异表达情况。

mir-17-92 cluster的表达情况                  家族microRNA的表达情况

差异microRNA靶基因预测

MicroRNA结合在靶基因的3’ UTR，下调靶基因（主要是蛋白水平）。我们自己开发了基于targetscan预测算法平台，可以对一些网上数据库没有提供预测信息的物种的microRNA靶基因进行预测服务。或是已有物种的非3’UTR(如5’UTR)区域进行预测。

差异microRNA靶基因预测详情见microRNA分析服务中microRNA靶基因预测。

差异microRNA转录因子结合位点分析

该项目用于研究MicroRNA的自我调控机制。对于差异表达microRNA，一般提取转录起始位点上游4500bp，下游500bp，通过PWM等算法来寻找转录因子的结合位点。

microRNA转录因子结合位点分析

靶基因Gene Ontology分析

我们将靶基因（分为上调microRNA的靶基因和下调microRNA的靶基因两个基因集）向gene ontology数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目。

靶基因GO分类柱状图

靶基因pathway分析

我们将靶基因基因使用GenMAPP v2.1向KEGG pathway数据库映射，并统计基因在每个pathway中的富集程度（enrichment p-value）。

红色标记的是上调microRNA对应的靶基因，蓝色标记的是下调microRNA对应的靶基因。黄色标记是在上调microRNA和下调microRNA共同的靶基因。浅绿色标记基因无特殊意义。

差异microRNA与靶基因、转录因子网络构建

我们通过整合microRNA与靶基因之间的调控，转录因子对microRNA基因的调控，构建调控网络。

Network分析，实线边表示microRNA与靶基因，虚线边表示转录因子对microRNA基因的调控关系；

红色节点表示microRNA，绿色节点表示转录因子。

差异microRNA调解效应评分分析

同时结合microRNA芯片数据和cDNA表达谱芯片数据进行microRNA的调解效应评分分析（RE-scores）。

以上为miRNA芯片数据处理参考方案，其他类型芯片详情欢迎致电咨询，我们可结合您的实验设计详细解决方案。

高通量测序分析

Small RNA测序分析服务

Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA，ncRNA，siRNA，snoRNA，piRNA，rasiRNA，等等。Small RNA通过多种多样的作用途径，包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除，来调控生物体的生长发育和疾病发生。Small RNA高通量测序是鉴定和定量解析small RNA的新方法和有力工具。

对于得到的实验数据，我们提供专业的数据分析服务，分析包括如下分析项目：

一、基因组定位

1)   Reads数目统计及频率分布图，将Reads比对到参考基因、基因组。

2)   Reads在所有已知的参考基因中的位置分布情况。

3)   不同长度的所有已知的miRNA基因被Reads覆盖的情况。

二、测序结果分类

将分为microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后绘制饼图分布。

三、差异microRNA鉴定

对于处理-对照实验设计采用Audic Claverie test筛选两个样本间的差异表达microRNA。

四、MicroRNA的家族、基因座分类

有一些MicroRNA在基因组中成簇（cluster）分布。这些microRNA同步转录。由于转录后成熟过程的调节各异，因此成簇的microRNA成熟体的表达量略有不同。通过对成簇microRNA的分析，可以在cluster的水平考察microRNA的差异表达情况。

mir-17-92 cluster的表达情况        家族microRNA的表达情况

五、预测新的 microRNA 基因（推荐）

我们根据solexa测序得到的未知序列信息，结合基因组提供的序列上下文信息，使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。

六、进化分析

跨物种比较microRNA 序列的保守性及种子序列的保守性。结果示例：(对号表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)

七、MicroRNA 基因簇分析

将新预测的microRNA 在基因组上定位，并寻找可能同时转录的microRNA。

八、MicroRNA 编辑

microRNA 可能发生部分位置碱基的编辑，导致种子序列改变，从而导致靶基因发生改变。如：5th T->G。位于seed序列的中间，将直接导致靶基因发生变化。

九、Viral microRNAs

solexa 结果由于测出的序列较多，带有病毒来源的microRNA，可能与病毒感染或共生有关。

十、natural antisense miRNAs

microRNA 是stem-loop 结构。其反义链也是stem-loop 结构。同样也能形成microRNA，这是一类新的microRNA。

其反义链也是发卡结构：

而在solexa测序结果中也能测到anti-sense的序列。因此生物体能存在自然反义microRNA,这是一种全新的microRNA种类。  

十一、Endogenous siRNA

由假基因或基因组重复序列生成。

十二、Si-tRNA等

其他种类small-RNA 也正在慢慢的出现。我们也有一些新的证据表明还存在一些其他的small RNA。因此欢迎一起合作和开发。如：tRNA由三叶草型二级结构变为发卡环结构，结果也可以生成microRNA：

十三、SNP分析

包括前体及成熟体中SNP 的寻找，对靶基因影响等。限于人、小鼠等有SNP 数据的生物。如： human miR-146a*的G/C SNP

该SNP位于seed区，因此直接影响靶基因：

十四、其他分析  
靶向miRNA分析
靶向lncRNA分析                    
基因互作网络构建
     详情欢迎致电咨询，我们可结合您的具体要求提供解决方案

生物信息学服务信息由上海敏心生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于生物信息学服务报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途