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参考报价: | 面议 | 型号: | microRNA分析服务(转录因子、靶基因、三维结构预测) |
品牌: | 敏心生物 | 产地: | 上海 |
关注度: | 19 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
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项目一:microRNA 转录因子预测分析
针对目标microRNA,提取TSS上游5000bp序列和下游500bp序列作为转录因子(TF)预测的数据。
TF预测方案及结果
转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public。转录因子结合位点预测使用pwmatch程序,设置log-odds的cutoff值。
项目二:靶基因预测
-非编码区靶基因预测-
非编码区靶基因预测由miRanda等多个软件分别进行预测
对于有些无法对应的microRNA,则参考了miRGator软件.
我们一般取几种软件预测结果的交集,即overlap部分。
-编码区靶基因预测-
编码区也是microRNA的结合位点,也有很多顶级文章有报道。预测方法暂不透露
参考文献:
[1]Yvonne Tay. MicroRNAs to Nanog, Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. Nature. 17 September 2008
[2]Joshua J. Forman et al. A search for conserved sequences in coding regions reveals that the let-7 microRNA targets Dicer within its coding sequence. PNAS August 12, 20
项目三:MicroRNA三维结构预测及相关分析
利用Nature及PNAS等报道的相关技术,我们开发了microRNA三维结构预测平台,该平台可以针对microRNA三维结构进行精确的预测。现已经在microRNA抑制剂的筛选,microRNA靶基因的精确查找等诸多领域开始应运。
-microRNA小分子抑制剂的研究-
目的:通过构建出microRNA的三级结构,并找到其药物靶点;然后通过对小分子化合物的三级结构预测,预测能够抑制miroRNA活性的小分子化合物。 现已对多个microRNA进行了相关的成药小分子化合物的预测,结果正在实验验证中。
-microRNA靶基因位点的精确定位-
常规的microRNA靶基因鉴定方法是从TargetScan、PicTar等靶基因数据库中查找能够匹配的基因,然而这样找到的基因数量众多,另一方面,如果知道了靶向基因,如何找到与其能够精确结合的microRNA,一直是比较难解决的问题。对此,我们利用microRNA与靶基因的结合自由能及物种保守性等标准,从二级及三级结构出发,查找能够互相精确匹配的mciroRNA与靶基因
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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途