甲基化检测服务
DNA甲基化
      DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一， 真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶，即在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶转变为5’- 甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控。脊椎动物DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关，比如在肿瘤发生时， 抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加，CpG岛中的CpG则呈高度甲基化状态，导致抑癌基因表达的下降。

RNA 甲基化
      除了DNA的甲基化修饰，真核生物的mRNA水平也可发生甲基化修饰，主要包括m6A RNA甲基化修饰，m5C RNA甲基化修饰以及m1A RNA甲基化修饰。m6A甲基化即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰，其是mRNA上最常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA的代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。m5C以及m1A甲基化修饰是一类新发现的RNA甲基化，主要存在于真核生物的tRNA以及rRNA中，其功能和机制都有待挖掘。

甲基化的研究思路


DNA甲基化检测的实验流程


我司可提供的DNA甲基化的检测技术手段 

技术手段适用范围优点缺点甲基化敏感性限制性内切酶-PCR法候选基因的甲基化检测可以检测目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态不能区分5mC和5hmC重亚硫酸测序法候选基因的甲基化检测可以检测目的的片段中每一个CpG位点的甲基化状态不能区分5mC和5hmC；需要构建大量的克隆载体用于测序甲基化特异性的PCR候选基因的甲基化检测特异性较高可能存在引物错配扩增；不能区分5mC以及5hmC焦磷酸测序法（BSP）候选基因的甲基化检测可以检测目的的片段中每一个CpG位点的甲基化状态不能区分5mC以及5hmC;单次测序仅检测70bp左右甲基化DNA免疫沉淀法全基因组DNA甲基化/羟甲基化检测应用特异性抗体，可以区分5mC以及5hmC;覆盖范围广非单碱基分辨率全基因组甲基化测序全基因组DNA甲基化单碱基分辨率；覆盖范围广不能区分5mC以及5hmC; 测序需要一定的深度

RNA甲基化修饰的检测以及研究内容
         m6A修饰图谱构建及作用机制研究：通过m6A甲基化测序（MeRIP-Seq, miCLIP）构建疾病细胞模型或者发病组织的 m6A 修饰谱，分析m6A的motif, peaks数量及分布，Peak 关联基因的特征，联合RNA-seq研究m6A甲基化与表达的关系。
    主要研究内容：通过研究 m6A修饰相关的甲基化、去甲基化酶和识别蛋白的功能，进而研究m6A修饰的生物学功能和作用机制：一般通过敲除m6A酶分子，研究下游功能基因分子的表达和m6A甲基化情况，通过介导相关基因异常（可变剪切、稳定性、翻译、miRNA 调控）影响细胞表型和功能特征。

参考文献：
[1] Kim SH, Park KH, Shin SJ, Lee KY, Kim TI, Kim NK, Rha SY, Ahn JB. CpG Island Methylator Phenotype and Methylation of Wnt Pathway Genes Together Predict Survival in Patients with Colorectal Cancer，Yonsei Med J. 2018 Jul;59(5):588-594.
[2] Beniaminov AD, Puzanov GA, Krasnov GS, Kaluzhny DN, Kazubskaya TP, Braga EA, Kudryavtseva AV, Melnikova NV, Dmitriev AA. Deep Sequencing Revealed a CpG Methylation Pattern Associated With ALDH1L1 Suppression in Breast Cancer，Front Genet. 2018 May 15;9:169.
[3] Liu J, Zhang W, Wu Z, Dai L, Koji T. Changes in DNA Methylation of Oocytes and Granulosa Cells Assessed by HELMET during Folliculogenesis in Mouse Ovary，Acta Histochem Cytochem. 2018 Apr 27;51(2):93-100.
[4] Hesser CR, Karijolich J, Dominissini D, He C, Glaunsinger BA, N6-methyladenosine modification and the YTHDF2 reader protein play cell type specific roles in lytic viral gene expression during Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus infection, PLoS Pathog. 2018 Apr 16;14(4)
[5] Min KW, Zealy RW, Davila S, Fomin M, Cummings JC, Makowsky D, Mcdowell CH, Thigpen H, Hafner M, Kwon SH, Georgescu C, Wren JD, Yoon JH, Profiling of m6A RNA modifications identified an age-associated regulation of AGO2 mRNA stability, Aging Cell. 2018 Jun;17(3).
 

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