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核酸质谱之漫话五： 核酸质谱法鉴定非洲猪瘟病毒
非洲猪瘟（Infection with African swine fever virus，简称：ASF）是由非洲猪瘟病毒（African Swine fever virus，简称：ASFV）感染家猪和各种野猪而引起的一种急性出血性的烈性传染病。世界动物卫生组织（OIE）将其列为法定报告动物疫病，该病也是我国重点防范的一类动物疫情。其特征是发病过程短，最急性和急性感染死亡率高达100%，临床表现为发热（达40～42℃），心跳加快，呼吸困难，眼、鼻有浆液性或粘液性脓性分泌物，皮肤发绀，淋巴结、肾、胃肠粘膜明显出血。
非洲猪瘟疫情严重危害生猪养殖及相关产业的发展。其病程短、传播快，致死率高，控制难度极大。因保护性免疫反应的复杂性，目前尚无有效的疫苗进行预防，从而被称作养猪业的“天敌”。自1921年非洲猪瘟被确认起，在百年间的几次暴发，都可称为养殖业的灾难。2018年8月非洲猪瘟在我国广泛流行，席卷大半个中国，给我国养猪业带来的损失相当严重。而由于ASFV传播的隐蔽性和复杂性，该流行病仍未解决。尽管人类早就发现了ASF，但缺乏安全有效的疫苗。因此，寻找有效可靠的诊断方法对控制ASF疫情至关重要。
非洲猪瘟病毒基因分型的意义
ASFV是一种双链DNA病毒，具有24种已知基因型。该病毒由四层蛋白质外壳和一个内源性基因组组成，其结构比许多其他病毒复杂得多。此外，其多层结构对其复制和存活起着重要作用。
目前非洲猪瘟病毒的主要检测方法及局限性
目前针对非洲猪瘟的病原学诊断技术包括抗原检测、活病毒检测和核酸检测等。主要分为针对病毒抗原、抗体反应的免疫学技术和针对病毒DNA的核酸检测技术等。
酶联免疫吸附试验（ELISA）：是当前最为常用的免疫学诊断技术，抗体必须要感染病毒达到一定程度才会出现，无法对ASFV的早期感染做出诊断。
在猪感染非洲猪瘟病毒的早期，借助于聚合酶链式反应（PCR）等分子生物学技术可实现对病毒核酸的检测。具有较低的敏感性，仅属于最简单的分子生物学检测技术。
病毒分离-红细胞吸附测定（HAD）：病毒分析是一种验证方法，其相应的分析（红细胞吸附分析）耗时，只能用于验证具有红细胞吸附特性的菌株。此外，它必须在生物安全三级实验室中进行，限制其应用。
等温扩增技术适用于快速现场检测。然而，它的灵敏度略低于荧光PCR。
由于使用多种方法和实验来检测多个基因既耗时又费力，因此使用目前可用的qPCR方法只检测到少数基因。
多重PCR+核酸质谱技术进行非洲猪瘟快速分型鉴定的优势
时间短：无需培养分离。
极高的特异性：达95–100%。
更高的灵敏度：不受病原体活性的限制，允许DNA检测受损或死亡的病原体。
早期筛查：感染早期甚至症状出现之前即可识别阳性病例。
高通量：每天可检测上千个样本。
用于ASFV检测及基因分型鉴定：如B646L基因编码的ASFV的主要衣壳蛋白p72被用作诊断流行性ASFV及其分型的首选蛋白；
ASFV毒力强弱分株：如基于CD2（EP402R）的SNP和MGF505部分缺失与否，可以区分I型强毒株和弱毒株；
区分野生株和疫苗株：如在制造疫苗建立基因缺失菌株的人工构建过程中，通常靶向EP402R（CD2v）、MGF和A137R等基因。
东西分析经过多年的开发，运用多重PCR+核酸质谱技术，成功开发出“非洲猪瘟病毒基因分型、毒力强弱分株和基因缺失检测试剂”。此试剂集荧光PCR和PCR测序技术为一体，采用核酸质谱独特的高重数PCR质谱SNP精细测序优势，结合自身研发的《DNA二维码扫描》专利技术，在一个PCR反应中将以下三个功能合为一体：
24个基因分型：根据国标检测P72（B646L）基因区的型特异SNP位点，通过单点或多点组合，区分24种基因型；
毒力强弱分株：根据农业部相关指南的靶标基因分析，发现基于CD2（EP402R）的SNP和MGF505部分缺失与否，可用三靶标区分I型强毒株和弱毒株；
基因缺失：根据疫苗基因（EP402R、MGF505-3R和A137R）缺失组合鉴定疫苗基因缺失株。
东西分析多重PCR+核酸质谱技术适用于非洲猪瘟病毒分型、毒力强弱分株和区分野生株与疫苗株基因缺失的市场需求。有助于农业、海关等部门从分子水平追溯引发非洲猪瘟疫情的病毒来源、监测ASFV在我国的分布以及流行趋势、掌握和阻断病毒潜在的传播途径及可能的传播方式，对于ASFV的有效防控具有重要意义。
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核酸质谱之漫话三：核酸质谱法在人乳头瘤病毒(HPV)分型检测中的应用
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