Ion REPORTER二代测序自动化分析系统

简化您的发现应用的生物信息学路径

Ion Reporter™ 解决方案可帮助您扫除 NGS 数据分析的障碍，让您可以集中精力发现自己的数据的生物学意义。

为什么要选择Ion Reporter 软件？

Ion Reporter™ 软件是由可简化 Ion GeneStudio S5 系统、Ion PGM™, 和 Ion Proton™ 系统数据分析的简单数据分析工具组成的优化组合包，让您可以集中精力发现自己的数据的生物学意义，无需花费太多精力配置和设置软件。

轻松为各类研究应用进行数据分析

• 按钮式数据分析功能，易用的预配置和自定义工作流程，可为任意经验水平的用户提供所需的灵活性

• 通过来自20多个公共和专属数据库的注释，轻松确定相关变异

通过优化的工作流程和用户工具，快速获得结果

• 通过简单的结果过滤，快速聚焦您的目标变异。之后可保存过滤设置，用于标准化的工作流程

• 优化的工作流程，有助于加速获得研究结果

• Ion AmpliSeq 靶向基因 Panel 让您可以在一天内从样本获得变异数据

• 用于活检的 Ion Torrent Oncomine cfDNA 检测试剂盒让您可以在两天内从样本获得变异数据

保障您的数据安全

• 基于登录身份的访问权限控制，锁定的工作流程，以及审核日志，有助于维持可追溯、安全的环境

• 通过 Thermo Fisher Cloud 分析和安全分享数据，或通过本地 Ion Reporter™ 服务器系统现场分析和存储数据

Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件

将 Ion Reporter 软件整合到 Thermo Fisher Cloud 平台上，有助于提供便利的集中式数据分析和管理解决方案。在 Ion Reporter 软件之外的 ThermoFisher Cloud 上与同事安全分享您的数据，轻松比较通过 Sanger 测序和 TaqMan™ 实时荧光定量 PCR 检测等基因分析技术获得的数据，一切功能集于一身。

为访问 Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件，只需登录 Ion Reporter 软件或登录 Thermo Fisher Cloud 并选择 Ion Reporter 应用程序。

Ion Reporter 数据分析工作流程

1 导入

（采用 Ion Reporter™ Uploader 插件）从 Ion S5、Ion S5 XL、Ion PGM™ 和 Ion Proton™ Torrent 服务器向云端或本地的 Ion Reporter™ 服务器自动传输测序数据。

2 分析

使用针对一系列应用优化的预配置工作流程或创建自定义工作流程，确定诸如 SNP、indels、CNV 和基因融合等变异。

3 注释和 
过滤器

采用 20 多份公共和专属数据集充分注释您的变异，或上传您自定义的注释，然后根据功能和生物学相关性进行过滤，聚焦您的目标变异。

4 可视化 

通过 IGV 可视化变异，或通过一系列交互热图 或韦恩图选项轻松比较样本间的变异。

5 报告/导出

选择相关变异并创建解释性研究报告，或将变异导出为电子数据表、VCF 或文本格式以便进一步研究。此外，确定目标变异的互补性 CE 和 TaqMan 检测方法。

Ion Reporter 服务器系统

Ion Reporter™ 服务器系统将 Ion Reporter 软件和强大的计算机服务器这两个独立组件配对组合，组成一套您内部使用的综合解决方案。

• 维持可控的安全环境，本地访问具有稳定的数据安全标准的服务器
  

• 控制软件版本并更新您的时间线

• 通过快速上传和分析，加速您的临床研究

• 访问与云端版本相同的软件和工作流程

在 15TB 的可用存储空间内存档数据

Ion PGM、Ion S5、Ion S5 XL 和 Ion Proton 测序仪的运行次数可存储在 Ion Reporter 服务器上。假定文件大小为 1 GB（Ion 314 芯片）、 2 GB （Ion 316 芯片）、5 GB（Ion 318 芯片）、5 GB（Ion 510 芯片）、10 GB（Ion 520 芯片）、20 GB（Ion 530芯片）、45 GB（Ion 540 芯片）和 50 GB（Ion PI 芯片）。

快速找到您探索的生物学意义

Examples of analysis run times on the Ion Reporter Server for annotating an exome-size VCF (variant call format) file, to running a complete analysis on various sized Ion AmpliSeq™ panels. Mapping: the alignment of the raw reads back to a reference genome; variant calls: the identification of variants when compared to a reference genome; stats: the generation of mapping, coverage, and QC stats; annotation: the notation of identified variants using a rich set of public sources. Analysis run times represent tens of variants for the Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2, thousands of variants for the Ion AmpliSeq™ Comprehensive Cancer Panel, and tens of thousands of variants for the Ion AmpliSeq™ Exome Panel.

Ion Reporter 服务器上的 Partek Flow 软件

除 Ion Reporter 软件外，Ion Reporter 服务器系统还作为主机管理用于 RNA 测序数据分析的第三方软件 Partek™ Flow™ 。  在 Ion Reporter 软件并排管理下，Partek Flow 软件使您可以通过预配置的 Ion Torrent™ 验证全转录组和小 RNA 数据分析流程（专门针对 Ion Proton 测序数据进行了优化）进行简单的 RNA 测序数据分析。