Ion PGM™ 系统的性能规格 | ||||
Ion 314™ 芯片v2 | Ion 316™ 芯片v2 | Ion 318™ 芯片v2 | ||
产量 | 200个碱基 | 30-50 Mb | 300-600 Mb | 600 Mb – 1 Gb |
400个碱基 | 60-100 Mb | 600 Mb – 1 Gb | 1.2-2 Gb | |
读取 | 40-55万个 | 200-300万个 | 400-550万个 | |
运行时间 | 200个碱基 | 2.3小时 | 3.0小时 | 4.4小时 |
400个碱基 | 3.7小时 | 4.9小时 | 7.3小时 | |
研究领域 | 癌症研究 | 干细胞研究 | 宏基因组学 | |
遗传病研究 | 农业 | 法医学 | ||
微生物学 | 表观基因组学 | 古老DNA基因组学 | ||
关键应用 | 定向DNA测序 | de novo微生物测序 | ChIP测序 | |
拷贝数分析 | 细菌分型 | 甲基化分析 | ||
定向RNA测序 | 病毒分型 | SNP验证 | ||
小RNA测序 | 宏基因组学 | 测序法基因分型 | ||
目标选择方案 | Ion AmpliSeq™技术 | Ion TargetSeq™ 技术 | ||
文库方案 | Ion AmpliSeq™ Library Kit | Ion Total RNA-Seq Kit v2 | 384个条形码,Torrent Suite™ | |
Ion Xpress™ Plus Fragment | Ion Library Equalizer™ Kit | 软件所支持 | ||
Library Kit | ||||
数据分析方案 | Torrent Suite™软件处理信号,检出碱基,比对序列,并开展基本变异检出,作为Ion PGM™测序仪的初步分析软件。 | |||
定向DNA测序、定向RNA测序、微生物de novo测序、微生物分型及其他应用的优化数据分析流程已开发,利用第三方软件方案和免费下载的插件。 | ||||
Ion Reporter™软件开展可控的变异分析、注释和报告,而应用特异的流程支持单个、家系以及配对的肿瘤正常分析。 | ||||
Ion Reporter™ Oncomine®流程再加上Ion AmpliSeq™ DNA panel,让癌症研究人员能够解决区分癌症司机突变和乘客突变的关键挑战。 | ||||
Ion PGM™ 测序仪的规格 | |||
工作环境 | 温度:68–77°F (20–25°C) | 间隙: | |
(仅限室内使用) | 湿度:40-60% 非冷凝 | 后面12 in (30.5 cm) | |
海拔:<6500 ft (2,000 m) | 左侧4 in (10 cm) | ||
右侧4 in (10 cm) | |||
从工作台前缘到测序仪面板4 in (10 cm) | |||
工作台前方通道36 in (90 cm),方便操作员操作 | |||
从工作台前缘到锥形管8 in (20.3 cm) | |||
气体供应 | 连接:0.25一键连接配件 | 压力:35-45 psi | 成分:氩气(4.5级,纯度为99.995%或以上) |
其他连接 | 以太网:1 GigE | USB:2个USB 2.0 | |
电源 | 电压:100V (min) - 240 V (max) | 频率:50/60 Hz | |
电流:9A (max) | 功率:200-300 W | ||
尺寸 | 宽度:24 in/61 cm | 深度:20 in/51 cm | 高度:21 in/53 cm |
重量 | 运输箱:85 lb/39 kg | 独立:65 lb/30 kg |
PGM™ Torrent服务器的规格 | |||
产品配置 | 单个独立的塔式计算机设备,包含在Ion PGM™ 系统内。 | ||
包括Torrent Suite™ 软件及所有必要的软件组件,带来信号处理、碱基检出、读取比对和变异检出。 | |||
处理器 | 两个6核2.66 GHz CPU | ||
内存 | 48 GB RAM | ||
GPU处理器 | 1x NVIDIA® Tesla® GPUs | ||
存储(约) | 16 TB | ||
操作系统 | Ubuntu® 10.04 | ||
尺寸 | 宽度:8.5 in/21.6 cm | 深度:22.3 in/56.6 cm | 高度:22.3 in/56.6 cm |
重量 | 100 lb/45 kg | ||
电源 | 电压:100V (min) - 240 V (max) | 频率:50/60 Hz | |
电流:6.7A (max) | 功率:1,100 W | ||
数据格式 | 行业标准的FASTQ、SFF、BAM和VCF格式输出 |
工作流程:
Ion PGM Sequencer Specifications Ion PGM 测序仪技术参数
Chip 芯片 | Expected Sequencing Run Time 期待的测序时间 | Expected Output* 期待的通量 | Expected Reads 期待的测读量 | ||
200-base reads | 400-base reads | 200-base reads | 400-base reads | ||
Ion 314™ Chip v2 | 2.3 hr | 3.7 hr | 30-50 Mb | 60-100 Mb | 400-550 thousand |
Ion 316™ Chip v2 | 3.0 hr | 4.9 hr | 300-600 Mb | 600 Mb-1 Gb | 2-3 million |
Ion 318™ Chip v2 | 4.4 hr | 7.3 hr | 600 Mb-1 Gb | 1.2-2 Gb | 4-5.5 million |
*Expected output with >99% aligned/measured accuracy. Output is dependent on read length and application.
Specifications for the Ion PGM™ Sequencer | |
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Working environment [for indoor use only] 工作环境(室内) |
Temperature: 68–77°F (20–25°C) Humidity: 40–60% non-condensing Altitude:<6,500 ft (2,000 m) Clearances: 12 in (30.5 cm) in rear 4 in (10 cm) on left side 4 in (10 cm) on right side 4 in (10 cm) from front edge of bench to sequencer bezel 8 in (20 cm) from front edge of bench to the conical tubes 36 in (90 cm) aisle in front of bench for operator access |
Gas supply 供气 |
Connection: 0.25 in push-to-connect fitting Pressure: 35–45 psi Composition: Nitrogen (grade 4.5, 99.995% or better) |
Other connections 其它连接 |
Ethernet: 1GigE USB: 2x USB 2.0 |
Power 供电 |
Voltage: 100 V (min) to 240 V (max) Current: 9 A (max) Frequency: 50/60 Hz Power draw: 200-300 W |
Dimensions 尺寸 |
Width: 24 in (61 cm) Depth: 20 in (51 cm) Height: 21 in (53 cm) |
Weight 重量 |
Crated for shipment: 85 lb (39 kg) Free-standing: 65 lb (30 kg) |
Additional Equipment 附加设备 |
PGM™ Torrent Server Ion Chef™ System Ion OneTouch™ System |
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