使用下一代差分离子迁移 Thermo Scientific™ FAIMS Pro™ 接口可实现出色的选择性、鉴定更多蛋白质,同时减少耗时的样品制备步骤。
FAIMS Pro接口可降低化学噪音和基质干扰,提高分析稳定性和灵敏度。FAIMS Pro 接口提供基于多种因素组合(比如电荷状态、形状、构象和气相离子大小)的分离。还可以改善动态范围和峰容量,这在一些蛋白质组学应用中尤其有用。
使用高场非对称波形离子迁移谱 (FAIMS) Pro 接口可增加每一个 LC/MS 蛋白质组学实验室的选择性。
当FAIMS Pro技术与高分辨准确质量数质谱Thermo Scientific™ Orbitrap™ Fusion™ Lumos™ Tribrid™ MS和Thermo Scientific™ Orbitrap™ Fusion™ Tribrid™ MS结合使用时,可实现无与伦比的选择性。FAIMS 技术还可以增强行业领先的 Thermo Scientific™ 离子阱 LC-MS 系统上的 MSn 分析。
FAIMS Pro 接口的其他优势包括:
增强蛋白质组学分析应用中LC/MS仪器的选择性和检测限。
简化或消除离线样品制备过程,从而提高分析性能并节省时间。
预定义实验模板含有仪器推荐设置,加快了数据采集速度。
易于设置和使用,提高了分析性能。
设计用于纳流至微流色谱分析(高达25 µl/min)。
Orbitrap Exploris 480与新一代离子淌度FAIMS Pro无缝连接
2019年ASMS,赛默飞重磅推出了全新一代的Orbitrap Exploris 480 质谱仪,同时也升级了很多新的功能,其中重要一项是能与FAIMS Pro (High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Spectrometry,高场非对称波形离子迁移谱)兼容。
FAIMS Pro大家可能比较陌生,有的实验室已经用上了FAIMS Pro,它是赛默飞在2018年的全球质谱大会IMSC上推出的下一代离子淌度技术,最早和TNG系列的质谱(三合一质谱,Orbitrap Fusion,Orbitrap Fusion Lumos以及TSQ Quantis,TSQ Alits)兼容。
FAIMS Pro加装在Orbitrap Fusion Lumos后,不管是蛋白质鉴定数目,蛋白定量准确性和精确度,TMT定量准确性,交联肽段鉴定数目还是PTM鉴定数目都有了很大的提升。
那么Orbitrap Exploris 480 质谱仪在加装了FAIMS Pro之后的性能如何呢?
这里将为大家展示最新Orbitrap Exploris 480 质谱仪加装了FAIMS Pro的实验数据。
60min色谱梯度肽段和蛋白鉴定数目
首先,用293T酶切肽段进行60min色谱梯度测试Orbitrap Exploris 480 质谱仪鉴定到的肽段和蛋白数目。60分钟的色谱柱梯度是大家经常用的梯度,一般用来进行质谱的QC。200ng 293T 60min梯度鉴定到了5455个蛋白,500ng 293T鉴定到了6054个蛋白,1µg 293T鉴定到的6361个蛋白。
拿到这样的测试结果我们对FAIMS Pro和Orbitrap Exploris 480 质谱仪充满了信心,继续进行90min,120min和150min的测试。
我们直接展示实验结果:
从上面的结果,我们看出Orbitrap Exploris 480 质谱仪在蛋白鉴定数目上有了很大的突破。
1µg 293T 90min鉴定6618个蛋白,120min鉴定6827个蛋白,150min鉴定7125个蛋白。这组数据中最好的结果是2µg 293T 150min鉴定了7481个蛋白,基本上达到了单针DDA的极限。
Orbitrap Exploris 480的定量性能考察
加装FAIMS Pro之后的Orbitrap Exploris 480 质谱仪,蛋白鉴定数目有很大的提升,那他的鉴定能力如何?之前我们得出的一致结论是DDA扫描模式在定量上的性能不如DIA,具有重现性差,missing value高,CV大等劣势,那加上FAIMS Pro对DDA的定量性能有没有提高呢?
我们还是先看下面一组数据,500ng 293T进行3次技术重复,肽段水平上3次共同鉴定到33880条肽段,蛋白水平上共同鉴定到5504条肽段,3次技术重复定量的median CV值是5.9%。
可以看出FAIMS Pro由于进行了气态离子分级,减小了每一次进入质谱的离子复杂程度,依赖于一级母离子定量的DDA方法的性能有了很大的提升,其定量的性能已经能够与DIA媲美。
更多的实验细节
样品 | 293T细胞系经过FASP酶切得到肽段,肽段的量用microBCA(23275)方法进行确定; |
色谱 | easy nLC 1200,单柱模式 |
色谱柱 | Pepmap 75µm 25cm 2µm (164941) |
质谱 | Orbitrap Exploris 480 质谱仪,加FAIMS Pro,60min梯度用-45V CV电压,90min,120min,150min梯度用-45V和-65V电压 |
数据库检索 | Proteome Discoverer 2.4,进行混合谱图检索,直接兼容FAIMS Pro数据,并能进行定量,peptide FDR1% |
总结
Orbitrap Exploris 480 质谱仪在兼容FAIMS Pro之后其蛋白鉴定数目有了很大提高, 60min即能够鉴定6361个293T细胞系蛋白,150min鉴定7481个293T细胞系蛋白,刷新了Orbitrap蛋白鉴定的高度,同时FAIMS Pro由于进行了气态地分级,DDA定量的性能有很大的提高。
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