NextSeq 550Dx测序仪

提升临床实验室的诊断能力

NextSeq 550Dx仪器已获得美国FDA批准和欧盟CE-IVD认证，以及中国国家药品监督管理局（NMPA）的认证，可帮助临床实验室开发和开展广泛的应用，从使用靶向panel进行NGS IVD分析，到包含靶向panel和全基因组等的临床研究应用。

特点：

双操作模式，灵活性强

按照批准的测序工作流程开发诊断检测，可利用流程中未来的NGS IVD检测，同时能保持在研究环境中工作的灵活性，将多种Illumina测序方法用于广泛的应用。

临床仪器的一致性

仪器和测序试剂都已获得美国FDA批准，按照设计控制原则开发，生产符合现行药品生产质量管理规范（cGMP），并验证了检测性能的一致性。

在NextSeq 550Dx系统上，设计您自己的NGS方案

NextSeq 550Dx可与TruSeq Custom Amplicon Kit Dx文库制备试剂盒和NextSeq 550Dx Reagent Kit联合使用，是IVD开发工具包的一部分，可让临床实验室设计具有受监管组件的临床检测*。

工作流程

• 文库制备：使用我们开发的IVD检测流程，或者开发您自己的流程。

• 测序：自动化测序能够在不到35小时的时间内生成数据。

• 分析数据：您选择的分析方法会自动开启，在数小时内获得结果。

NextSeq 550Dx仪器

NextSeq 550Dx仪器为临床研究实验室提供了FDA管制，CE认证的高通量测序平台。

强调 

FDA监管和CE标记的测序仪

高通量，食品和药物管理局（FDA）监管，欧洲合格的ConpeitéEuropéene体外诊断CE标记平台，具有不断扩展的IVD和实验室开发的测试（LDT）流程

高度灵活，可满足临床和研究需求

通过可调的读取长度和多种输出配置支持广泛的基础研究和临床应用

快速的周转时间和用户友好的数据分析

借助在机器上或在云中执行的简化信息学，加快研究速度并快速生成针对时间敏感的临床需求的数据

Illumina科学支持

由Illumina科学和专业知识支持的IVD和LDT开发合作伙伴*

介绍

NextSeq 550Dx仪器是第一个高通量FDA监管和CE标记平台，可为临床实验室提供下一代测序（NGS）的功能 （图1）。随着双启动功能，在NextSeq 550Dx平台包括诊断模式（DX模式）†和研究模式，它提供了灵活性，能够在一台仪器进行测试IVD，LDT发展和临床研究。对于大型临床实验室，NextSeq 550Dx仪器提供了经过验证的高通量平台，并可以访问肿瘤学，生殖健康等领域不断扩展的临床应用程序。

图1：NextSeq 550Dx仪器—通过利用SBS化学的最新进展以及用户友好的可调节工作流程，NextSeq 550Dx仪器可为临床和研究应用提供高质量的结果。

尽管NextSeq 550Dx仪器可在不到两天的时间内生成超过90 Gb的数据，但它还提供了受监管平台的一致性，并在软件和仪器设计方面提高了鲁棒性。此外，以研究模式运行可支持所有当前可用的研究应用程序，包括外显子组测序，转录组分析，客户设计的靶向面板和微阵列扫描。使用NextSeq 550Dx仪器，临床实验室可以以规范的Dx模式运行以进行IVD / LDT测试，也可以以研究模式运行以加速临床研究，而不会牺牲高通量测序仪的速度和功能。

Illumina化学试剂提供了卓越的准确性

NextSeq 550Dx仪器的核心是经过验证的Illumina合成化学测序（SBS）化学方法-世界上使用最广泛的NGS化学方法。1 这种基于终止子的可逆方法，可以检测整合到不断增长的DNA链中的单个碱基，并可以对数百万个DNA片段进行并行测序。Illumina SBS化学方法利用所有四个标记核苷酸之间的自然竞争，从而降低了掺入偏差并允许对重复区域和均聚物进行更稳健的测序。

与基于毛细管电泳的Sanger测序相比，NGS可以检测到范围更广的DNA变异体，包括低频变异体和相邻的相变变异体，产生时间更快，动手步骤更少。3 ，4 此外，NextSeq测序试剂递送改进的信号强度和假阳性和假阴性的较低数目。5 利用NextSeq SBS化学试剂，NextSeq 550Dx仪器为临床测试和研究应用提供了卓越的准确性。

简单的三步骤工作流程

在NextSeq 550Dx仪器上运行的分析遵循一个简单的三步过程，该过程包括文库制备，测序和数据分析 （图2）。这三步过程是完全集成的Illumina支持的工作流程。

图2： 三步NextSeq 550Dx分析过程— NextSeq 550Dx仪器是集成的三步过程的一部分。TruSeq™定制扩增子Dx分析可提供详细的结果报告。

文库准备

文库的制备从向基因组DNA（gDNA）样品中添加引物开始，生成索引的文库，用于同时捕获和扩增数百个目标区域。对于一系列临床应用，TruSeq™定制Amplicon Dx库制备试剂盒支持用户定义的寡核苷酸面板。快速，高效的文库制备试剂盒仅需50 ng gDNA或10 µl合格的福尔马林固定，石蜡包埋（FFPE）组织来源的DNA，即可在不到两天的时间内生成高质量的测序文库。

FFPE DNA可以通过TruSeq Custom Amplicon Dx–FFPE QC试剂盒进行鉴定，该试剂盒使用简单的qPCR反应来确定FFPE DNA的质量。FFPE QC试剂盒的结果可用于提供有关输入FFPE DNA的质量和数量的指导。

在NextSeq 550Dx仪器上测序

使用预装的试剂盒，在融化，加载和大约30分钟的总动手时间中就可以轻松开始在NextSeq 550Dx仪器上运行。直观的用户界面使研究人员能够以最少的用户培训或仪器设置时间执行各种测序应用程序。此外，NextSeq 550Dx仪器可在一台仪器上执行群集生成和SBS排序，并提供向车载或基于云的数据分析的简单转换。与NextSeq 550系统一样，NextSeq 550Dx仪器可提供高质量的数据，其中超过75％的碱基测序的质量得分为Q30或更高（表1）。

表1： NextSeq 550Dx仪器性能参数— Dx模式a，b

NextSeq 550Dx仪器易于配置，为研究人员提供了可扩展性，可处理从低到高通量的项目。在研究模式下，研究人员可以在两种流通池配置（中输出和高输出）之间进行选择，可以根据需要轻松地从高通量转换为较低的通量。借助扩展的Dx解决方案产品组合，研究人员可以轻松地从MiSeqDx扩展到NextSeq 550Dx仪器（图3）。

图3： Illumina NGS测序系统产品组合-Illumina NGS系统为广泛的应用，样品类型和测序规模提供解决方案。每款产品均具有灵活的吞吐量和简单，简化的工作流程，可提供高质量的数据和高精度。

集成系统软件

NextSeq 550Dx仪器提供具有模块化软件体系结构的完全集成的机载分析软件，以支持当前和将来的分析。仪器控制软件可通过用户友好的触摸屏界面进行访问。Local Run Manager软件支持计划测序运行，跟踪库和带有审计跟踪的运行，以及与机载数据分析模块的集成。当本地运行管理器在仪器计算机上运行时，用户可以监视运行进度并查看连接到同一网络的其他计算机的分析结果。测序运行完成后，Local Run Manager使用特定于应用程序的分析模块之一自动开始数据分析。

可用的Dx应用程序

在Dx模式下，NextSeq 550Dx仪器当前支持以下应用程序，这些应用程序通过TruSeq Custom Amplicon Dx分析执行：

• 体细胞变异调用-通过从FFPE衍生的gDNA制备文库，体细胞变异调用工作流程为体细胞变异调用提供了定性结果，检出限为0.05。6 Somatic Variant Calling工作流程在NextSeq 550Dx仪器上支持4–48个多路复用样本。

• Germline Variant Calling —通过从外周血全血gDNA制备文库，Germline Variant Calling工作流程可为纯合或杂合种系变异调用提供定性结果。Germline Variant Calling工作流在NextSeq 550Dx仪器上支持8–96个多路复用样本。

与MiSeqDx的变体调用和关联

使用TruSeq定制扩增子变异面板（TSAVP）测试了NextSeq 550Dx仪器的变异调用准确性，该代表试验旨在查询覆盖23个不同染色体的12588个碱基的多种基因。TSAVP分析还包含多种GC含量（18％– 87％），插入缺失（最多25个碱基对）和均聚物（7-13个核苷酸）。使用Platinum Genome样品测量准确性，Platinum Genome样品以前是被高度测序的个体的谱系，并以高置信度确认了变异。7 肯定，否定和整体百分比一致性非常接近100％，表明变体调用准确性很高（表2）。

表2：在Dx模式下的变体调用

在另一项研究中，评估了用MiSeqDx和NextSeq 550Dx仪器测试的样品之间的一致性。体细胞结果来自TSAVP和TruSight™Tumor 26检测（N = 8,599），种系结果来自TSAVP和TruSight Myeloid检测（N = 13,828）。体细胞和种系变异等位基因频率R ²与MiSeqDx的相关性分别为0.997和0.989。与MiSeqDx的定性变异体调用协议，对于体细胞变异体，≥99.8％，对于生殖系变异体，≥99.6％，两种变异体的下限均具有95％的置信区间。这些数据总共表示与MiSeqDx数据的高度相关的调用相关性。

研究模式提供了阵列扫描的实验灵活性

在研究模式下，NextSeq 550Dx仪器通过支持Illumina BeadChips的测序和微阵列扫描，实现了实验的灵活性。‡通过微阵列扫描，研究人员可以立即使用高度互补的技术进行后续研究，确认通过测序或其他研究途径检测到的拷贝数变异。集成的DNA到数据工作流可使用中输出或高输出运行配置对外显子组，靶向测序板和转录组进行快速测序。有关研究模式下NextSeq 550Dx仪器支持的广泛测序和微阵列应用程序的更多信息，请参阅NextSeq 550系统规格。

概括

NextSeq 550Dx仪器是一种可转换的仪器，可将高通量的FDA监管和CE标记的NGS功能引入临床实验室，以进行研究和诊断应用。NextSeq 550Dx仪器具有简单的三步工作流程，并具有灵活性，可提供对时间敏感的临床IVD数据或追踪临床研究中的最新问题。NextSeq 550Dx仪器为体细胞和种系变异调用应用程序提供了快速，规范的工作流程，并可以访问由NGS驱动的Illumina临床分析不断增长的菜单。

参考

1 存档数据计算。Illumina，Inc.，2017年。

2 Bentley DR，Balasubramanian S，Swerdlow HP等。利用可逆终止子化学精确测序整个人类基因组。大自然。2008; 456（7218）：53-59。

3 Shokralla S，Porter TM，Gibson JF等。大规模并行多重DNA测序的标本鉴定使用Illumina MiSeq平台。科学众议员。2015; 5：9687。

4 Precone V，摩纳哥VD，Esposito MV，使用下一代测序方法破解人类疾病守则：应用，挑战和观点。生物医学研究中心。2015; 161648。

5 Illumina（2017）。 NextSeq 550测序系统规格表。2017年9月26日访问。

6 存档数据计算。Illumina，Inc.，2017年。

7 Eberle MA，Fritzilas E，Krusche P等。通过对三代17人谱系进行测序，通过遗传遗传验证了540万阶段人类变体的参考数据集。基因组研究。2017; 27：157-164。

预期用途声明

NextSeq™550Dx仪器的预期用途（欧盟/其他）

当与在 仪器上进行的体外诊断（IVD）分析一起使用时，NextSeq 550Dx仪器可用于DNA文库的测序。NextSeq 550Dx仪器应与特定的注册，认证或批准的IVD试剂和分析软件一起使用。

NextSeq™550Dx仪器预期使用（美国）

NextSeq 550Dx仪器用于从从人体全血或福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）组织中提取的人基因组DNA进行DNA文库的靶向测序，当用于在 仪器上进行的体外诊断（IVD）分析时。NextSeq 550Dx仪器不适用于全基因组测序或从头 测序。NextSeq 550Dx仪器应与注册并列出，清除或批准的IVD试剂和分析软件一起使用。

TruSeq™定制扩增子试剂盒Dx预期用途

Illumina TruSeq Custom Amplicon Kit Dx是一套试剂和消耗品，用于从外周血和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织提取的DNA中制备样品文库。需要用户提供分析物特异性试剂才能制备靶向特定目标基因组区域的文库。生成的样本库可用于Illumina的高通量DNA序列分析仪。

TruSeq™定制扩增子Dx – FFPE QC试剂盒预期用途

Illumina TruSeq Custom Amplicon Dx – FFPE QC试剂盒是一套试剂，用于确定从福尔马林固定，石蜡包埋（FFPE）样品中提取的基因组DNA（gDNA）的扩增潜力。

*请联系Illumina代表以获取有关IVD开发合作伙伴关系的更多信息。

^†以Dx模式执行的运行是受美国和欧盟监管机构监管的过程。

^•处于研究模式的NextSeq 550Dx仪器支持对Infinium™CytoSNP‑850K，HumanCytoSNP‑12和HumanKaryomap 12 DNA BeadChip进行微阵列扫描。