原核生物的结构
鞭毛
鞭毛是很多单细胞生物和一些多细胞生物细胞表面像鞭子一样的细胞器，用于运动及其它一些功能。在三个域中，鞭毛的结构各不相同。细菌的鞭毛是螺旋状的纤维，像螺钉一样旋转。古生菌的鞭毛表面上和细菌的类似，但很多细节不同，和细菌的鞭毛可能也不是同源的。真核生物，比如动物、植物、原生生物细胞的鞭毛是细胞表面结构复杂的突出物，像鞭子一样来回抽打。
细胞膜
细胞膜又称原生质膜，为细胞结构中分隔细胞内、外不同介质和组成成份的界面。原生质膜普遍认为由磷脂质双层分子作为基本单位重复而成，其上镶嵌有各种类型的膜蛋白以及与膜蛋白结合的糖和糖脂。
细胞质
细胞质是一种使细胞充满的凝胶状物质。细胞质包含有胞质溶胶及细胞器。原生质是由水、盐、有机分子及各种催化反应的酶所组成。
核糖体
核糖体无膜结构，主要由蛋白质（40%）和RNA（60%）构成。核糖体按沉降系数分为两类，一类（70S）存在于线粒体、叶绿体以及细菌中，另一类（80S）存在于真核细胞的细胞质中。他们有的漂浮在细胞质中，有的结集在一起，主要在粗糙内质网内。
糖萼
糖萼是对由细菌、上皮细胞，或其他细胞分泌的，覆盖在细胞表层的粘稠物的统称。
夹杂物
夹杂物(细胞质)是一种的化学物质，可能会或可能不会在一个细胞，这取决于细胞的类型。它包含储存的营养物质、分泌的产物、和色素颗粒。
70年代分子生物学的资料表明：产甲烷细菌、极端嗜盐细菌、极端耐酸耐热的硫化叶菌和嗜热菌质体等的16S rRNA核苷酸序列，既不同于一般细菌，也不同于真核生物。此外，这些生物的细胞膜结构、细胞壁结构、辅酶、代谢途径、tRNA和rRNA的翻译机制均与一般细菌不同。因而有人主张将上述的生物划归原核生物和真核生物之外的“第三生物界”或古细菌界。
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