数字PCR实现更精确的GMO分析
根据《PLoS One》上发表的一项最新成果，微滴式数字PCR(ddPCR)能精确定量转基因生物中的转基因拷贝数，且成本比定量PCR(qPCR)更低。
这篇文章的通讯作者是斯洛文尼亚国立生物学研究所的Dany Morisset。他认为，这项新研究是一个重要的案例研究，说明了微滴式数字PCR可用于GMO的准确定量。“我们尝试用最严格的国际规则来验证它。”
目前，qPCR是评估GMO的标准方法，但它并不太适合食品，因其含有分子抑制剂，可能干扰DNA扩增，导致不准确的拷贝数预测。
但一些研究人员认为，这不会对数字PCR造成困扰。数字PCR分析是将样品作大倍数稀释和分液，直至每个样品中所含有的待测分子数不会超过1个，再将所有样品在相同条件下进行PCR扩增，并对发生了扩增反应的样品逐个进行计数。尽管数字PCR的概念已出现十多年，但成本以及缺乏验证都减缓了它的采用速度。
在这项研究中，Morisset及其同事评估了多个不同样品中的MON810转基因玉米，以内源基因HMG作为内对照。研究小组也检测了包含MON810玉米的样品，这些样品之前利用qPCR分析过。
利用Bio-Rad公司的QX100微滴式数字PCR系统，Morisset的研究小组发现与qPCR相比，该系统能够更准确地定量多个有证标准物质(certified reference materials)中转基因与内源基因的比例。此外，ddPCR反应对抑制剂也没那么敏感。
在计算了试剂、耗材和劳动力成本之后，研究人员发现dPCR中每个样品的成本为20.90美元，而qPCR中每个样品的成本为22.30美元。而数字PCR中多个样品可同时运行，因此更为经济。
据Morisset介绍，qPCR和微滴式dPCR都比基于芯片的dPCR系统更为经济，因每块芯片的价格约为150-400美元。不过，之前也有研究表明，Fluidigm的BioMark系统是GMO分析的另一选择。
此外，Morisset惊讶地发现，在ddPCR分析中建立二重反应如此简单。只需要一天的培训。研究开始时，QX100系统尚未在欧洲发布。Morisset联系Bio-Rad，参与了早期试用计划。在试用之后，他买了一台。
研究小组也对Life Technologies和RainDance的dPCR平台表现出了浓厚的兴趣，他们希望竞争能压低价格。“在GMO定量中，dPCR将越来越重要，”Morisset谈道。
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