荧光团共定位的程度是通过每个像素位置的颜色值测定
样品中荧光团共定位的程度是通过比较一幅图上每个像素位置的颜色值测定的。分析的第一步就是要显示进行共定位测量的图，一般以两个独立通道的合成图显示。当分析多标样品时，在一次计算中，只能处理两种伪彩，但所有伪彩排列之后都可以配对用于共定位分析。由于传统上使用氩离子激光器、氪-氩离子激光器及氦氖激光器，这些激光器能够有效地激发在蓝色和绿色区域有强烈吸收的荧光团，因此选择红绿颜色对作为共聚焦荧光颜色。此外，人眼对绿色和红色色调更为敏感。
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