DGGE/TGGE已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌, 古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性[8]。这一技术能够提供群落中优势种类信息并同时分析多个样品，具有可重复和操作简单等特点, 适合于调查种群的时空变化, 并且可通过对条带的序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落组成。DGGE和TGGE分别通过逐渐增加的化学变性剂线性浓度梯度和线性温度梯度可以把长度相同但只有一个碱基不同的DNA片段分离。DNA分子的双链在特定温度下会分离，这个温度取决于互补链的氢键含量（富含GC的区域融解温度较高）和相邻碱基的引力。

DGGE 法的优缺点

优点

1、几乎可以检出所有突变

2、可将突变分子完好无损地同野生型分子分开用于进一步的分析

3、无须标记

4、电泳前只需一步操作

5、可用于未经扩增的基因组 DNA

6、可检测出象甲基化这样的 DNA 修饰

缺点

1、需要专门设备需要用计算机对序列进行分析

2、需要进行预实验需要昂贵的“ GC 夹板”

3、无法确定突变在 DNA 片段中位置

4、需要用含有毒性物质甲酰胺的梯度凝胶

5、DNA 片段大小限制在 100-500bp