Science：便携式DNA测序仪在检测病毒疫情中大显身手
在一项新的研究中，来自美国、尼日利亚、英国、德国、比利时、瑞士和新加坡的研究人员发现，随着病毒疫情的爆发，利用便携式DNA测序仪了解关于这种病毒疫情的更多信息是可能的。在他们发表在2019年1月4日那期Science期刊上的一篇标题为“Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak”的论文中，他们描述了他们对在尼日利亚最近发生的一次病毒疫情期间受影响的患者中的拉沙病毒（Lassa virus）DNA的分析，以及他们取得的发现。美国波士顿大学医学院的Nahid Bhadelia针对这项新的研究在同期Science期刊上发表了一篇标题为“Understanding Lassa fever”的观点（Perspective）类型论文。
图片来自Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine (BNITM), Hamburg, Germany。
医学科学家们一直担心可能会出现一场大规模的流行病---一场可能导致全世界数百万人甚至数十亿人死亡的流行病。正因为如此，科学家们不断寻找新工具来识别潜在的大流行性病毒并阻止它们。这样的一个研究领域集中在快速识别病毒，更重要的是，发现它是否已进化为一种更危险的新毒株。目前，这个领域的主要技术是DNA测序，但是病毒疫情通常会在存在没有配备DNA测序功能的实验室的地方开始爆发。这导致人们开发小型便携式设备，这样就能够将这些设备快速部署到感兴趣的区域并立即加以使用。
在这项新的研究中，鉴于得知由拉沙病毒导致的拉沙热（Lassa fever）病例在尼日利亚飙升，这些研究人员测试了这样的一种称为Oxford Nanopore MinION的DNA测序设备。当吃了已被受感染大鼠污染的食物时，或者在某些情况下吸入来自大鼠粪便中的悬浮颗粒时，人们就会感染上这种病毒。
这些研究人员前往拉沙热疫情现场，开始收集患者的血液和组织样本。他们总共收集了120例样本，但是鉴于存在互联网连接问题，他们仅能测试其中的36例样本。不过这足以解答两个最为紧迫的问题：患者人数突然增加是由于病毒变异导致的吗？如果是这样的话，它如今能够在人际间传播吗？幸运的是，这两个问题的答案都是否定的，这一发现允许卫生官员着重关注于大鼠控制，而不是设置隔离区。它还表明，便携式DNA测序仪能够在下一次大流行病失控之前，为阻止它提供急需的帮助。
参考资料：
L. E. Kafetzopoulou et al. Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aau9343.
Nahid Bhadelia. Understanding Lassa fever, Science (2019). DOI: 10.1126/science.aav8958.
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