早在1957年，新西兰曾爆发一场神秘的疫情，很多3岁以下的孩子先后出现了手足发红等症状，并有孩子死去。

　　到底是“谁”盯上了这么小的孩子，答案到了第二年才部分揭晓。之所以说部分揭晓，是因1958年只是从患儿的体内分离出了柯萨奇病毒（Coxsackieviruses），1959年，这种病被命名为手足口病（hand  -foot and mouth disease）。

　　此次疫情爆发12年后的1969年，EV71病毒在美国被分离出来，而这个发现的过程也颇为曲折。美国加利福尼亚州的医学研究人员从一些患有中枢神经系统疾病的婴儿粪便标本中分离出部分病毒毒株，在电子显微镜下，这些毒株的形态与已知的普通肠道病毒没有两样。

　　但是，在其后的试验中人们发现，这种新发现的毒株与之前已知的肠道病毒在生物学特性上并不完全一致。鉴于这种情况，1979年，国际病毒命名委员会将这种病毒定为了一种新型肠道病毒。