澳大利亚蛋白质组学专家HUPO 2010大会谈TripleTOF 5600使用体会
来自：Adam Bonislawski
被采访者：Mark Molloy
职位：澳大利亚蛋白质组学分析实验室主管；麦考瑞大学副教授
背景：麦考瑞大学生物化学博士；默克蛋白质组学发现资深科学家
Mark Molloy博士是澳大利亚蛋白质组学分析实验室主管，麦考瑞大学副教授。作为蛋白质组学的发源地，APAF为澳大利亚及全球的客户提供蛋白质组学研究服务，主要集中于差异蛋白质表达分析。
日前，APAF购买了一台AB Sciex TripleTOF 5600质谱仪，使Molloy博士成为TripleTOF 5600自5月份美国质谱年会（05/28/2010）发布以来使用该仪器的科研人员之一。
本周Molloy博士将参加在悉尼举办的人类蛋白质组学年会。Molloy博士和ProteoMonitor谈起自己对今年HUPO大会的感受和他的实验室使用TripleTOF 5600进行的初步工作。
以下为本次采访内容。
Q：系统生物学研究所和瑞士联邦技术研究所在本周HUPO会议上宣布，他们已经完成了建立人类蛋白质组质谱图第一阶段的工作。这对蛋白质组学研究的重要意义是什么？
A：是的，他们宣称他们已经获得了99%以上的人类蛋白质组信息。 Ruedi Aebersold（ISB共同创始人，ETH系统生物学教授）也说他们得到了人类蛋白质组中的五肽蛋白质。这对于建立人类蛋白质组对照表单的SRM实验和挑选任意五肽蛋白质是很有意义的。目前在疾病状态、正常状态真实体系中开始查找这些肽，观察他们如何与现实相关的工作还没有开始进行。修饰肽的效果如何也还没有考虑，但我们知道那是很常见的，在分析实际样品时会经常发生的事情。他们所研究的肽并不能说明额外的修饰，这些他们也明白，我认为那将是下一阶段要尝试的部分工作。
Q：这个图谱可以适用于合成肽么？
A：可以的。所以他们正在编制用来寻找肽的离子群的目录。在实验中，这些蛋白质是没有其他任何附假的未修饰蛋白，如果真的可以那将是很伟大的事情。那些都是符合的，但是一旦在肽上插入一个磷酸，所有的事情就被改变了。
Q：可以认为像磷酸化这样的翻译后修饰对了解疾病状态是至关重要的么？
A：是的，一般来说，我认为对HUPO和整个社会都可以这么说。我们已经做的人类蛋白质组中的每一个蛋白实验，“那”就是一个成就。我们是否可以检测实际样品的则是另一回事。我认为我们正在向此靠近。
A：这只是开始，理论上使用这些图谱，我们可以研究任何在生物系统中重要的感兴趣的蛋白质。举例来说，如果你想知道感兴趣的某些细胞的p53发生了什么，你现在一看表，告诉你如何获取感兴趣的蛋白质的质谱数据。当然，这并不意味着你会检测它，因为并不知道表达水平。但我想这就是实验目的。还有可能污染的信号的背景干扰离子是什么？所有的将在实际样品进行评估。他们所做的应该提供一个较短的路径让我们至少测试这些假设。
Q：HUPO大会上还有其他报告让您特别感兴趣么？
A：有很多干细胞蛋白质组研究疾病状态的报告很不错。这些工作我在HUPO其他干细胞蛋白质组会议中没有看到过，这就像比较分析的一个深度挖掘质谱方法一样。过去我没有看到过更多干细胞以及这个层次的研究。
瑞典Lund大学Carl Borrebaeck关于用抗体芯片作为生物标记物靶板的候选物有一个很好的演讲，其敏感性和特异性相当令人印象深刻。
Q：抗体阵列中需要改良抗体标准一直是蛋白质组学中的一个问题。在这方面的讨论是什么？
A：Mathias Uhlen在他的人类蛋白质图集中提出了一个新的概念，他正在创造多克隆抗体，也开始做了一些单克隆的。我不记得确切的数字[目前Atlas公司有超过11,000条抗体信息]，但该网站提供不同来源的不同抗体相应的特异性数据——这些抗体是供应商提供的或研究者提供的。因此，我认为，人们真的将有机会看到他们正在使用的抗体的特征。
Q：关于人类蛋白质组计划，去年的HUPO会议上就讨论了该项目是采取基因为中心的方法还是样品为中心的方法。你认为在这个问题上人们倾向于哪种方式呢？
A：个别发言者已经就这个采取什么方式提出他们的观点。从我参加的会议来看，它似乎是一个基因为中心的方法，可能会按照这一方式继续研究，而不是蛋白质研究的方法，发言者争论提出的论据是，至少这样做，我们对开始和结束会有一个基本要求。从而可以衡量进展情况。有可能还有其他特性，但是这是一个很好的了，在这里我们可以说，“好吧，当我们研究了23条染色体的所有基因，我们已经开始这个项目，我们也可以完成这个项目。”
Q：使用基于样品的方法，理论上是不是可以在课题中一直增加不同来源的样品呢？
A：是的，我猜测除了基因为核心的方法，有些研究小组已经开始做样品为导向的工作流程了。
Q：您的实验室最近购买了一台AB Sciex 5600 TripleTOF质谱仪，您对使用该仪器最大的感受是什么？
A：我使用的主要工作流程之一就是iTRAQ方法。我对这台仪器上使用iTRAQ工作流很感兴趣。我们所做的演示数据看起来令人印象深刻。当然，我们可以采集到比我们目前仪器所做的更多的肽。和我们实验室已有的其他Q -TOF仪器相比，5600 TripleTOF可以增加30%到40％的肽的数量。
我们对非标记定量方法也有兴趣，该方法可以追溯、提取已知肽序列相关的离子。最近我们没有做这项工作，但是从看到的情况来说，这也是可能的。所以它将成为我们一个新的工作流程。我们对磷酸修饰肽特别感兴趣。这使我们能够使用非标记方式进行时间进程的实验。仪器进行磷酸修饰肽并没有什么不同之处，但是它意味着我们可以通过比较收集到更多更深层次的信息，并且挖掘这些信息，从中提取出定量结果。
我们有一个直肠癌的重要计划，我们对疗效响应的预后指标和预测指标很有兴趣。所以我们将会做相当多的大量使用该数据集的样本进行比较。
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