毛细管电泳通常使用内径为25-100 μm 的弹性（聚酰亚胺）涂层熔融石英管。标准毛细管的外径为375 μm，有些管的外径为160 μm。毛细管的特点是：容积小（一根100 cm×75 μm 管子的容积仅4.4 μL）；侧面/截面积比大，因而散热快、可承受高电场（100-1000 V/cm）；可使用自由溶液、凝胶等为支持介质；在溶液介质下能产生平面形状的电渗流。

由此，可使毛细管电泳具备如下优点：

（1）高效塔板数目在105-106 片/m 间，当采用CGE 时

毛细管电泳色谱图

，塔板数目可达107 片/m 以上；

（2）快速一般在十几分钟内完成分离；

（3）微量进样所需的样品体积为nL 级；

（4）多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器；

（5）经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低；

（6）自动CE 是目前自动化程度较高的分离方法。