FA是指由免疫机制介导的食物不良反应。若由食物介导的非免疫反应，则称为食物不耐受。

FA可被进一步分为由IgE介导、非IgE介导的FA 和由IgE与非IgE共同介导的混合型FA。IgE介导的FA 属于1型变态反应，发病机制明确。在婴幼儿时期，由于胃肠道免疫功能及黏膜屏障功能尚不健全，通透性高，食物变应原进入肠道经抗原递呈细胞处理后与MHC－Ⅱ分子结合，呈递给T淋巴细胞，Th1/Th2平衡被破坏或不能形成，则发FA。

典型的Th1, 细胞因子包括：白细胞介素（interleukin,IL)－2，干扰素（interferon,IFN)－γ及肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF)－α等；Th2细胞因子包括：IL-4，-5，-10和-13等。当Th1型反应减弱，Th1/Th2失衡，Th2细胞受变应原刺激活化分泌IL-4，-13等细胞因子，诱导变应原特异性B细胞增殖分化成浆细胞，产生特异性IgE抗体，抗体的Fc段与肥大细胞或嗜碱性粒细胞表面的IgE受体结合，从而完成FA过程。