肿瘤NGS大panel检测的标准化及研究进展（二）
TMB的曲折之路：2018年TMB写入肺癌NCCN指南；2019年WCLC和ESMO相继报道 KN189，KN021，KN010 研究，认为免疫联合化疗与TMB无关，同时，ESMO也报道了 KN158和KN042研究，认为免疫单药获益与TMB相关。在TMB备受争议之时，中检院发布了TMB国家参考品，承受了不小的压力。
2020年，FDA批准了TMB作为泛实体瘤免疫单药（K药）治疗的伴随诊断。
TMB的检测金标准是WES，但临床检测更倾向于使用NGS大panel（目标基因大panel），所以各个厂家分别开发了自己的NGS大panel产品，然后与WES做个拟合分析，就推出了TMB检测产品。
虽然NGS大panel可以有效进行TMB的计算，但是panel需要大到一定的数目，才可有效检测TMB。此外，TMB的检测应保证检测的准确度和可重复性。
开发肿瘤NGS大panel检测产品，除了可检测TMB以外，还有哪些预期用途呢？可作为靶向用药热点突变的伴随诊断，也可作为免疫MSI的伴随诊断，此外，也包含免疫耐药和超进展相关的基因。
TMB检测过程中的影响因素，包括生物学特性（样本类型，肿瘤类型等），分析前因素（样本类型，样本质量/数量等），测序因素（DNA捕获区域，panel大小，富集方法，测序深度，测序平台），生信分析（突变类型，胚系过来吧，过滤cut-off值等）及阈值设定（样本/肿瘤类型，使用方法，患者人群，治疗方案）。
中检院和实验室主要关注于后面三个部分，即测序，生信分析和阈值设定；对于生物学和分析前因素，希望能够在临床上得以解决。
目前，欧美已经建立了TMB基因检测产品的标准化评估体系，如美国的FoCR（Friends of Cancer Research）项目和欧洲的QuiP（Quality Assurance Initiative forPathology）项目。
在标准品开发方面，FoCR使用商业细胞系；QuiP使用临床样本，使用WES和panels分别评估TMB；使用11个TMB平台和试验，使用不同的TMB评估参数，同步评估已发表文章中的TMB cut-off值；为临床研究输出TMB评估推荐规范。
FoCR已经发布了TMB的第一期研究成果，包括不同TMB检测平台的一些评估指南，发现基于目标区域捕获的NGS大panel与WES具有一定的相关性，同时对于NGS大panel TMB检测的分析验证也给出了建议。
NGS大panel产品设计：重点关注TMB计算饱和度验证，目标区域基因panel需达到一定的大小（panel区域设计影响TMB检测），TMB的检测评估才能具有一定的精确度；其次是，生物信息的流程的搭建。
在TMB计算饱和度验证方面，中检院开展了两个方面的研究：在A研究中，发现目标区域长度在1.0Mb时候，可以达到饱和，相关系数达到0.98；在B研究中，对panel bed区间进行随机抽样，重复三次取平均值计算TMB，并计算WES与大panel的pearson相关系数，发现在0.8Mb时，pearson相关系数已经达到0.99。
