内脏的病理变化和功能障碍也是造成代谢病的重要原因。例如肾功能衰竭可造成蛋白质、脂肪、水及电解质等的代谢变化。肾病综合征患者长期从尿中损失蛋白质,可出现；肾小球滤过率降低,氮代谢产物不易排出，磷酸、硫酸、尿酸、肌酐及尿素氮在血内堆积，造成氮质血症及代谢性酸中毒；水和钾排泄障碍，引起浮肿和高钾血症等；患肾病综合征时，也可出现极低密度脂蛋白及低密度脂蛋白清除障碍，使血浆胆固醇和甘油三酯升高，发生高脂蛋白血症；肾功能衰竭时，血磷升高，血钙降低，25-羟维生素D不能在肾脏羟化为1，25-二羟维生素D,甲状旁腺激素继发性分泌增多以及酸中毒等，造成钙磷代谢紊乱和代谢性骨病。

　　一些外界因素如药物、食物也可造成各种代谢病。抗癫痫药如巴比妥钠、苯妥英钠可促进肝微粒体酶的活性，加速维生素 D和25-羟维生素D在肝内的分解，因此，长期应用这类药物后，血25-羟维生素D降低，继之血中钙、磷降低，碱性磷酸酶增高，出现骨软化。经常进食含过多脂肪和胆固醇食物的人，容易发生高脂蛋白血症、动脉硬化和胆石症。（生酮饮食除外）