肿瘤NGS大panel检测的标准化及研究进展（三）
目前，WES和NGS大panel检测产品在TMB计算规则方面尚无定论。希望厂家在开发NGS大panel的时候考虑到TMB的计算规则是如何拟定的。
这是国家TMB参考品，制定的突变类型，包括a-j不同的突变类型，并规定了TMB计算需要纳入的突变类型：WES：TMB计算纳入a-f突变类型；FMI：TMB计算纳入a-j突变类型；MSKCC：TMB计算纳入a-i突变类型；以上三种，需另外去除驱动突变。GPv2：TMB计算纳入a-j突变类型；GPv3：TMB计算纳入a-j突变类型；
并需另外去除驱动突变。
中检院做的NGS大panel TMB计算方法与WES的线性回归曲线，可以发现两者的一致性比较好。
中检院利用TCGA数据进行的TMB数据拟合，可以发现，不同TMB计算规则，相同芯片区间，产出的TMB差异较大。
此外，中检院使用相同的TMB计算规则，发现在相同的芯片区间，限定下癌种的回归效果也不尽相同。
对于TMB检测性能评价，主要考虑以下几个方面：
1，突变位点检测准确性评价；
2，TMB检测一致性评价；
3，和WES一致性评价；
4，和具有临床药效样本检测一致性评价。
考虑突变频率AF的情况，1% AF的情况下，肿瘤细胞的含量越高，TMB的准确性越高。
国家TMB标准品，对WES标准TMB值计算时的AF值进行了考虑，因为每家公司的AF值是不一样大的，有的1%，有的5%，所以每家公司可以根据自家的AF标准来选择计算WES标准TMB值。如果是1%那么就选择第一列的来计算；如果是5%那就选择最后一列来计算。
国家参考品的考核形式：获取TCGA MC3数据集，计算WES TMB并去除0-TMB样本，最后是6,701个样本，然后模拟panel检测结果并计算panel TMB值，相关分析包括P和S系数；然后建立回归分析方程，再将获取的标准品panel TMB值代入回归方程，计算WES TMB的预测区间（90%），如果你的WES TMB值落入在预测区间中，那么你的TMB检测是准确的。
国家参考品盘的验证结果，对panel A（A+B），C，D的TMB计算进行了分析，分析的肿瘤细胞含量包含了1%，2%，5%和10%，发现TMB的值均落入90%的预测区间内，同时进行了ROC分析，发现准确性和特异性均较好。
国家参考品盘的验证结果，AF为1%，2%，3%，4%和5%，肿瘤细胞含量为1%，2%，5%和10%，主要提醒大家在开发的时候需要注意自己检测产品的AF阈值。
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