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一种简单有效的降低 RNA 3'端异质性的转录方法

2020.8.11

实验材料 8umol L 顶链 8umol L 底链5'末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰

试剂、试剂盒 20X 缓冲液 NTP 混合物 lmol LNaOH 聚乙二醇 8000 0.5mol LMgCl2 1mol L 谷氨酸钠 T7RNA 聚合酶 载样缓冲液

实验步骤

一材料与设备


1)8umol/L 顶链


2)8umol/L 底链,5'末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰


3)20X 缓冲液:800 mmol/LNaCl.20 mmol/L 精胺,100 mmol/LDTT,0.2%TritonX-100(pH8.l)


4)NTP 混合物,各 80mol/L, 用 1mol/LNaOH 调 PH8.1


5)lmol/LNaOH。


6) 聚乙二醇 8000,400 mg/ml。


7)0.5mol/LMgCl2


8)1mol/L 谷氨酸钠 (pH8.l)


9)T7 RNA 聚合酶。


10) 载样缓冲液:8mol/L 尿素,lmmol/LEDTA,0,1% 一甲苯青 FF,0.1% 溴酚蓝


二、操作方法


1) 在灭菌微量离心管中混合下列物质:


8umol/L 顶链 (终浓度 400nmol/L)                             1ul


8umol/L 底链(5'端 2 个核苷                                 1ul


酸甲氧基修饰,终浓度 400nmol/L)


20X 缓冲液                                                              2ul


NTP 混合物                                                            2ul


聚乙二醇 8000                                                        5ul


0.5mol/LMgCl2                                                    1.12ul


1mol/L 谷氨酸钠                                                     1ul


T7RNA 聚合酶                                                        1ul


加无核酸酶的水至总体积为                                    20ul


2) 于 37℃ 反应 lh。


3) 加载样液,变件聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化回收,保存于一 20℃


注意事项


1) 标准体系是 20ul 但每种成分可按比例放大体系,以增加转录物的量


2) 一般来说,NTP 的摩尔数与 Mg2+的庠尔数比例为 1:1.75, 但此比例可能需要优化。


3)对于某些模板,谷氨酸钠可以提尚转录产物的回收率。


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