对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析
贝勒医学院的研究人员近日对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析，并将结果发表在《Cell》杂志上。这种全面的研究策略有助于深入了解结肠癌，并有望推动早期诊断和新型疗法的开发。
Bing Zhang博士
在贝勒医学院分子和人类遗传学教授Bing Zhang的领导下，研究团队生成了基因组和蛋白质组数据，并利用生物信息学工具开展分析。他们最终生成了第一份系统的目录，说明结肠癌肿瘤及癌旁正常组织所产生的蛋白质有何不同。
“我们不仅能够确认先前描述的结肠癌分子标志物，还能够发现肿瘤和正常组织之间的蛋白质差异，”Zhang教授指出，他是本文的共同通讯作者。
研究人员还发现，基因组和蛋白质组数据的结合大大提高了他们对结肠癌细胞的认识。“SOX9就是一个例子，”Zhang教授说，“基因组数据表明，SOX9是一个肿瘤抑制基因，因为它在结肠癌中经常发生突变，从而导致蛋白质无法产生或产量减少。”
“不过，当我们观察蛋白质组数据，也就是癌症组织的实际蛋白质时，我们却观察到相反的情况；SOX9蛋白在这些肿瘤中的丰度很高，比正常组织还要高。因此，SOX9是肿瘤抑制因子的说法受到了蛋白质组数据的挑战，”他补充说。
对于SOX9这样的基因组和蛋白质组数据之间的明显矛盾，进一步的生物信息学分析为研究人员带来了一些可能的解释。
另一名通讯作者、太平洋西北国家实验室的资深科学家Tao Liu表示：“对基因的分析可能会带给我们一些错误信息，但我们只有在分析蛋白质之后，才知道哪里出错了。”他领导的研究团队对结肠癌中的蛋白质活性进行了详细的测定。
除了SOX9，研究人员还发现了一些有趣的线索，有望改善结肠癌的治疗。例如，美国FDA批准使用一种名为DNA错配修复缺陷的生物标志物，以判断哪些患者适合检查点抑制剂免疫疗法。然而，只有一部分带有此标志物的患者对疗法有反应。通过生物信息学分析，他们认识到为什么免疫疗法不适用于所有错配修复有缺陷的结肠癌。
研究人员目前已经将所有数据放在“LinkedOmics”网络工具上，开放给其他人使用。“我们希望这种资源对有意研究结肠癌新方向的研究人员有用，”Zhang教授谈道。
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