Nat Med：95%以上的潜伏性HIV病毒存在缺陷，不能复制
在一项新的研究中，在对来自19名接受治疗的HIV感染者的潜伏性HIV“前病毒（provirus，即基因组整合进宿主细胞DNA的HIV）”基因组进行完全测序后，来自美国约翰霍普金斯大学医学院的研究人员报道即便在非常早地开始治疗的病人体内，测量潜伏性HIV病毒库的唯一广泛适用的方法主要是对不导致伤害的缺陷病毒而不是对恢复活动和让感染持续进行下去的那些病毒进行计数。相关研究结果于2016年8月8日在线发表在Nature Medicine期刊上，论文标题为“Defective proviruses rapidly accumulate during acute HIV-1 infection”。
特别地，研究人员证实90%以上的潜伏性HIV前病毒发生突变---甚至在感染的初期---以至于它们不再发挥功能。这些发现提示着迫切需要新的方法只对未受到损伤的HIV前病毒进行计数，这是因为准确地计数是指导和测量针对潜伏性HIV病毒库的实验性疗法有效性的关键。
论文通信作者、约翰霍普金斯大学医学院传染病医师和分子生物学家Robert Siliciano博士说，“为了治愈HIV感染，你想要清除那些没有缺陷的HIV前病毒。但是我们的研究证实用来做到这一点的标准检测方法测量实际上并不与这些治愈策略相关的HIV病毒形式。”
当前，HIV感染通过抗逆转录病毒疗法（ART）加以治疗，这种方法有效地阻断这种病毒自我复制产生更多的病毒颗粒。但是这种病毒持续存在，这是因为在潜伏状态下，它成功地潜藏在某些免疫细胞内，不会活跃地复制，也不会产生制造ART的病毒靶标的化学信号。
然而，HIV前病毒能够，而且确实能够，变得活跃起来，导致停止ART治疗的病人体内发生新的HIV感染。清除这些潜伏性HIV病毒库的努力---迄今为止还未取得成功---已成为病毒学家们的神圣目标。
为了测试新的旨在通过清除HIV前病毒治愈HIV感染的实验性药物策略的有效性，Siliciano补充道，科学家们通常在进行治疗之前和之后初步获得HIV前病毒库的水平。通常来说，他们使用一种被称作聚合酶链式反应（PCR）的技术定量检测某些标志性的HIV基因的存在。但是即便是缺陷的HIV前病毒---只要它们仍然含有靶基因---就要对它们进行计数。
然而，在此之前，研究人员并不认为这总是一个问题。论文第一作者、Siliciano实验室研究生Katherine Bruner说，“在这个领域，我们中的大多数人认为在刚感染后初始的潜伏性HIV前病毒库含有完全功能性的病毒拷贝，因此，我们也曾认为PCR---至少在感染早期接受ART治疗的病人而言---将主要对能够再次导致疾病的HIV前病毒进行计数。”然而，对在开始接受ART治疗时病情更进一步发展的病人而言，研究人员猜测更大比例的潜伏性HIV前病毒可能是缺陷性的。不存在缺陷的一部分HIV前病毒能够通过一种更加费力的被称作定量病毒生长检测（quantitative viral outgrowth assay, QVOA）的方法加以检测，其中QVOA被认为是测量HIV前病毒库大小的最好方法。
想知道PCR或QVOA哪种技术是否准确地对造成危害的HV前病毒进行计数，Siliciano、Bruner和他们的同事们对来自不同种族的年龄在20岁到76岁之间的在感染后不到100天或者感染后180多天后开始接受ART治疗的19名男性和女性的大量HIV前病毒的全基因组进行测序。这19名病人已接受ART治疗至少8个月的时间。
研究人员发现来自任何一名病人的90%到98%的HIV前病毒是缺陷性的，不能够通过复制而成为有活性的病毒。不论这些病人是否在感染上HIV几周内或几年内开展ART治疗，这些结果都是适用的。
Bruner说，“即便在非常早地接受接受的病人当中，如果你使用基于PCR的方法测量这种病毒库，那么你只是检测到大量有缺陷的HIV前病毒。”
当研究人员将这些全基因组测序数据与利用PCR或PCR对同样的这19名病人的HIV前病毒的分析结果进行比较，他们证实在感染上HIV的6月多时间后开始接受ART治疗的病人当中，PCR过高估计了潜伏性HIV前病毒库平均188倍，而在更早开始接受ART治疗的病人当中，这一数字是13倍；在较晚开始接受ART治疗的病人当中，QVOA低估了这种病毒库平均27倍，而在较早开始接受ART治疗的病人当中，这一数字是25倍。
Bruner说，在他们的这项新研究中所用的完全测序方法“从研究的角度来看，是非常有益的，但是是费时的，昂贵的，在临床上广泛使用是不现实的。”因此，她说，就目前而言，科学家所拥有的就是这两种不准确的备用方法：PCR和QVOA。
Bruner和Siliciano说，他们希望他们的研究结果---证实病人拥有比之前想象中的大幅度更多的缺陷性HIV前病毒，而且这些缺陷性HIV前病毒几乎在感染一开始就在积累---将有助人们更好地理解PCR和QVOA结果真正意味着什么。
Siliciano说，“利用目前的计数方法，它就像是你能够测出正确的病毒库大小范围，但是我们我们想要发现更好的方法来进行这些测量。”
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项目成果
