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如何提取土壤中的高通量核酸?

2020.4.21

土壤是指地球表面的一层疏松的物质,由各种颗粒状矿物质、有机物质、水分、空气、微生物等组成,能生长植物。土壤微生物的数量很大,1克土壤中就含有4000~7000种近10亿个细菌。1亩地耕层土壤中,微生物的重量能达到300-3000公斤。而其中90%以上的微生物都是无法直接培养的。

因此,提取土壤中的微生物基因组能够直接在分子生物学的基础上研究环境生态、环境保护与修复以及菌种筛选。

但是土壤中含有大量的腐殖酸(Humic Acid,简写HA)是动植物遗骸,主要是植物的遗骸,经过微生物的分解和转化,以及一系列的化学过程积累起来的一类有机物质。因为其性质与DNA十分相似,所以在提取时会与基因组一同被提取出来,而微量的腐殖酸就会对下游PCR实验以及酶切反应产生抑制作用。

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目前从土壤样品中提取微生物DNA的方法主要有Bead beating法、Bourrain法、Martin-Laurent法,而这些方法都统分为直接法和间接法。

直接法是指将土壤样品放在裂解液中,经过有效的破壁方法使微生物的DNA全部释放到裂解液中,然后再进行分离提取的方法。

间接法是指将土壤放在一种缓冲液中,把微生物从土壤中分离出来,然后再进行DNA的提取。

目前市面上土壤提取试剂盒有很多种,一些进口公司的土壤DNA提取试剂盒能够很好的提取土壤中基因组DNA,很多土壤相关工作人员都选用该试剂盒。不过这些试剂盒在价格上同样也是走在行业前列,让很多从事土壤研究的科研工作者因为价格望而却步。

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百泰克生物科技有限公司本着“科技领先,优质高效,顾客至上,遵信守约”的理念,开发了一种新型高效的土壤/淤泥基因组DNA提取试剂盒,突破性的开发出一种新型腐殖酸去除剂,最大限度的去除土壤样本中的腐殖酸,保留目标DNA,结合磁珠法核酸纯化的技术,匹配百泰克32/96通量自动核酸提取仪可以完成提取,大大节省科研人员操作的同时,得到高纯度的土壤微生物DNA。

百泰克实验室研究人员为了进一步对比产品效果,还将行业领先的A公司的土壤试剂盒、B公司的试剂盒与公司的新型试剂盒做对比实验,实验采用三种地理位置不同,深度不同,湿度不同的土样/淤泥作为样本,验证了新产品的性能。

 

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→提取土壤基因组DNA超微量分光光度计检测结果:

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→提取土壤基因组DNA核酸电泳结果:

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→提取土壤基因组DNA采用16s rDNA通用引物 PCR扩增电泳结果:

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总结:百泰克土壤提取试剂盒提取的土壤DNA,盐残留低,纯度高,提取核酸中PCR抑制因子极低(A公司三种土壤有提取的核酸只有两种满足PCR条件;B公司提取的DNA盐度尚可,但是含有的PCR干扰因子较多,PCR扩增不出条带。Bioteke土壤提取试剂盒可以正常扩增,条带单一且清晰)

百泰克公司新推出的磁珠法土壤提取试剂盒提取土壤基因组时间短,通量高,可在2h内完成多至96个土壤样本的提取,提取核酸质量高,纯度高,盐残留低,腐殖酸去除率高,可以直接用于PCR,酶切反应等实验,是广大从事土壤相关研究的科研工作者的不二选择。

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