去甲基化酶ALKBH5在胰腺癌中的应用(一)
文章导读
表观遗传修饰如m6A甲基化在肿 瘤的发生和发展中起到重要作用。而甲基化酶对ai症的影响也受到广 泛关注。其中去甲基化酶ALKBH5已被报道过能通过维持乳腺ai细胞的干细胞性而促进肿 瘤的形成,还有文章探究过其在急性白血病中的作用,但其对胰腺ai的影响还缺乏研究。今年5月份发表在Molecular Cancer (IF=15) 上的文章RNA demethylase ALKBH5 prevents pancreatic cancer progression by posttranscriptional activation of PER1 in an m6A-YTHDF2-dependent manner揭示了去甲基化酶ALKBH5通过调控m6A修饰调节PER1的转录后激 活,发挥对胰腺ai抑 制作用。
发表期刊:Molecular Cancer
影响因子:15.302
发表时间:2020.5.19
实验方法: m6A-seq, RNA-seq,MeRIP-qPCR, ChIP, CoIP, 双荧光素酶实验
文章链接:RNA
demethylase ALKBH5 prevents pancreatic cancer progression by
posttranscriptional activation of PER1 in an m6A-YTHDF2-dependent manner
研究内容
1.ALKBH5降低对胰腺ai的指示意义
首先为了探究去甲基化酶ALKBH5在胰腺ai中的表达和临床意义,作者对42个胰腺ai患者的肿
瘤和临近组织做了qPCR和免疫染色,发现肿
瘤中ALKBH5的表达明显降低,mRNA的m6A水平升高。加上对数据库中177个胰腺ai患者生存率的分析发现
ALKBH5低表达与总生存率的降低具有相关性。这些结果初步显示了ALKBH5表达对胰腺ai的预测和预后具有指示意义。
2.ALKBH5降低对胰腺ai细胞转录组水平的影响
接着,作者对3个过表达ALKBH5的胰腺ai细胞样品和3个对照胰腺ai细胞样品进行了RNA-seq(云序提供服务),发现过表达的ALKBH5的细胞中,前15个上调基因包括了
PER1, FOXO1, CDC20,
和CCR5等,GO分析显示上调的基因富集在细胞周期终止、抗增殖和细胞凋亡等功能,而下调的基因富集在细胞增殖和存活相关功能条目中,KEGG分析显示富集的通路中含有细胞周期和生长的相关的通路p53信号通路和
PI3K-AKT信号通路。这些转录组数据显示ALKBH5具有抑 制胰腺ai的功能。
3.ALKBH5抑 制胰腺ai细胞增殖、迁移和侵袭
作者通过细胞表型实验进一步验证ALKBH5对胰腺ai细胞的影响。通过转染手段,发现对胰腺ai细胞进行ALKBH5过表达能导致细胞增值降低,而敲降ALKBH5会导致细胞增值速率上升。细胞群落形成实验和流式细胞仪分析显示了相同结果。并且过表达ALKBH5抑
制伤口闭合和ai细胞侵袭能力。