蛋白质芯片作为生物芯片的一种，已经成为研究蛋白质的重要工具。蛋白芯片的检测原理同免疫检测，也可以称为芯片免疫分析。蛋白芯片大致分为三种类型，第一类是由蛋白质微阵列构成的芯片，第二类是以各种微结构为基础的微流控型芯片，第三类是结合微球编码和流式检测的悬浮芯片。这三种类型中，利用免疫原理并采用荧光检测的居于主流，因此，此类蛋白芯片技术可以称作芯片上的荧光免疫分析，由于具有样品量少，分析通量高，能进行多组分同时分析等优点，已经成为荧光免疫分析乃至整个免疫分析的重要发展方向。

　　这三种类型的蛋白芯片技术中，微阵列型免疫芯片发展最早，但直接沿用基因芯片的荧光标记方法，灵敏度不高。因为在基因芯片中，标记的靶序列cDNA可以渗入大量荧光分子，而获得很高的检测灵敏度。但蛋白芯片只能采用抗体直接标记的形式，一个抗体分子上能标记的荧光分子数受到很大限制。因此目前微阵列型免疫芯片发展缓慢。