荧光RNA随机引物触发的聚合酶链反应实验(一)
实验步骤
##一、 从组织和培养细胞中分离RNA
1.TRIzol试 剂(Invitrogen)。该试剂含有苯酚和硫氰酸盐化合物,操作时应穿实
验服,戴手套,存放于 4°C 。
2.氯仿。
3.异丙醇。
4.乙醇。
5.焦炭酸二乙酯(DEPC) 处理的水。
6.无DNA试剂盒(Ambion)。贮存于一 20°C 。
##二、 CDNA 合成
1.Superscript™ II, RNase H-反 转 录 酶(200 U/(nL; Invitrogen)。 一 20°C下可稳
定忙存两年以上。
2.5X 第一链合成缓冲液: 250 mmol/LTris-HCI, pH 8. 3, 375 mmol/L K C l, 15
mmol,L MgCl2, 贮存于一 20。。 。
3.0. lmmol/L 二硫苏糖醇(DTT),贮存于一 20°C 。
4.dNTP 混合物: dNTP 各 1 0 mmol/L ,贮存于一20°C 。
5.18 碱 基 的 随 机 引 物(25 pmol/L ): A 3, 5'-AATCATGAGCTCTCCTGG——3';B3, 5』-CATACACGCGTATACTGG——3』; C3, 5'-CCATGCGCATGCATGAGA- 3 : 贮存于一20。。。
6.RNaseOMT™ 重组核糖核酸酶抑制剂 UOU/^L ; Invitrogen), I t 存于一20℃
##三、 FRAP-PCR
1.QiagenT叫 D N A聚 合 酶(5 U/|uL; Qiagen), |^;存于一20。 C 。
2.Qiagen IOXPCR 缓冲液: Tris-HCl, KCl,(NH4)2SO4, 15 mmol/L MgCl2,p H 8.7, C 存于一20°C 。
3.25 mmol L MgCl2, I t存于一20°C 。
4.焦炭酸二异酯(DEPC) 处理过的水。
5.dNTP 混合物: dNTP 各 1 0 mmoL/L , JC 存于一20° C 。
6.5'端用罗丹明标记的随机引物(lOfxmol/L ; A3、 B3 或 C3),贮存于一20°C ,避光。
7.QIAquick PCR 纯化试剂盒(Qiagen)
##四、凝胶电泳
1.制胶溶液: 6 % 丙 烯 酰 胺(29: 1 丙烯酰胺-bis丙烯酰胺),含 7 mol/L 尿素和1XTBE缓冲液。
2.1父丁6£缓冲液: 89 1^11 〇 1, 1 1 1 ^ 碱 , 89 111111〇 1/1^硼酸, 2 111111〇 1/乙£0丁八二钠
盐 , pH 8. 3。
3.上样缓冲液: 9 9 % 甲酰胺, I mmol/L EDTA, pH 8.0,〇. 〇〇 9% 二甲苯氰,0.009% 溴酚蓝。
4.TEMED。
5.25% 过硫酸铵。
6.FDD垂直电泳系统,包 含 60孔梳子和低背景荧光的玻片(GenHunter)。
7.Sigmacote 桂 胶 液(Sigma-Aldrich), JC存于 4°C 。
8.可提供电压>1700 V 的直流电源。
9.突光成像扫描仪: Typhoon 9210 可 变 模 式 成 像 仪(Amersham)。
10.可打印 llin X 17in® & 的喷墨打印机,用于打印实际尺寸的凝胶图像。
11.刀片。
##五、 PCR 产物的分离、再扩增和克隆
1.胶 原(20 叫 ZmL), C 存于_20°C 。
2.3 mol/L 乙酸钠。
3.乙醇。
4.焦炭酸二乙酯(DEPC) 处理过的水。
5.PCR 试剂,见 2.3 (注意: lOfxmol/L 未标记的随机引物)。
6.TOPOTA® 克 隆 试 剂 盒(Invitrogen)。 OneShot® 感 受 态 大 肠 杆 菌 贮 存 于—80°C , PCR TOPO® 克隆载体贮存于一2CTC。
7.SOC 培养基: 2 % 胰蛋白胨, 0 . 5 % 酵母提取物, 10 mmol/L NaCl, 2. 5 mmol/L KC1, 10 mmol/L MgCl2, 10 mmol/L MgSO4, 20 mmolZL 葡萄糖。
8.L B 培养基。
9.氨节西林(1 0 mg/mL), JC存于一20°C 。
10.琼脂。
11.X-gal (20 mg/mL),避光忙存于_2 〇 °C 。
12.M13 引物:正 向(5'-GTAAAACGACGGCCA0 3 ' ) ,反 向(5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'),贮存于一20°C 。
13.QIAprep 离心法小量质粒抽提试剂盒(Qiagen)。3. 方法