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一、透射观察法
透射观察必须切片，根据培养细胞种类和培养方法不同分原位切片和消化分离切片两种。
1. 在用玻璃瓶培养细胞做透射观察时，做原位切片非常复杂。只能采用消化法把细胞制成悬液才能进行包埋和切片。其过程为：消化分离细胞、固定、包埋、切片和观察几项。
进行消化时，应注意，消化液的浓度不宜太大、消化时间也要适度，吹打细胞动作要轻微，以防损害细胞表面的微细结构。然后低速离心，令细胞沉于离心管底部（用锥形离心管最好），吸除上清液，立即加戊二醛固定。其余包埋、切片等步骤与一般组织相同，请参阅其它电镜技术，此不赘述。
2. 单层培养细胞通过消化分离细胞包埋法的优点是获细胞数量多，便于进行包埋和切片。
缺点一是通过消化可能损伤细胞表面结构，二是消化改变了细胞单层生长时细胞相互接壤关系。
3. 也可采用原位包埋法，为此应把细胞培养在无菌聚苯乙烯塑料薄膜上，便于进行固定、包埋、切片处理。
聚苯乙烯薄膜是一种由聚苯乙烯制成的厚度类似盖片、无毒、质地柔软、已消毒包装的成品（国内尚未见生产）。用时可剪切成适宜的小块置入瓶中，然后再向瓶中接种细胞，待细胞附于盖片上并生长后，取出、进行固定、剪切成小块、直接包埋入Epon胶囊中，很易切片，是原位包埋透射电镜观察细胞理想的方法。
如观察的为悬浮细胞，因悬浮细胞不必做消化处理，可直接进行离心、固定、包埋和切片，细胞保存效果好。
二、扫描观察
培养细胞扫描观察非常方便，在观察贴壁细胞时也需进行消化，制备成细胞悬液后，用Hanks液漂洗1～2 次，除去细胞碎块和血清蛋白等（以免妨碍观察）。其余处理与血细胞扫描电镜观察法相同。
进行原位扫描观察培养细胞更为容易，可按以下步骤进行：
1. 加支持物小盖片培养法培养细胞，至指数增生期；
2. PBS pH7.4漂洗两次，以去除培养液；
3. 25 %戊二醛/PBS固定30 分钟；
4. PBS漂洗3 次；
5. 1 %OsO4固定45 分钟；
6. PBS漂洗3 次；
7. 脱水
丙酮/醋酸异戊酯（1：1）10 分钟→醋酸异戊酯30 分钟；
8. 临界点干燥；
9. 喷金；
10. 扫描电镜观察（Hitachs-450）、照像。
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