云序生物环状RNA研究文章汇总
环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。迄今为止，云序已经积累了超过10000例环状RNA测序的经验，样本覆盖20多个物种以及50多种疾病，客户发表文章达20篇以上，“云序制造”越来越多的出现在科研论文当中。
表1.云序客户环状RNA文章列表
自2013年的两篇在Nature期刊上对于环状机制研究成果问世以来，对于环状RNA的关注达到了空前的地步，迅速成为RNA领域最火热的明星分子之一。环状RNA相比于线性结构的mRNA分子，具有更稳定的环状封闭结构，因此在循环体系中环状的表达量更稳定。多篇文章已报道环状RNA可行使“microRNA海绵机制”，通过竞争性的结合miRNA间接影响mRNA，在多种疾病的发生发展中起到了重要的调控作用。环状RNA的研究从传统的“海绵机制”逐步发展多元化，更多的呈现出功能的多样性，如结合功能蛋白、编码蛋白潜能、影响可变剪切、受甲基化调控等。无处不在的功能覆盖让环状研究备受亲睐。新年伊始，云序生物公众号将为大家优中评优，悉数云序客户部分的环状RNA研究成果.
一、云序生物医口环状RNA文章
1.世界首篇红斑狼疮性肾炎环状RNA研究（影响因子：6.4）
环状RNA作为一种新发现的非编码RNA，在多种组织及疾病中发挥重要的生物学功能，然而关于其在红斑狼疮性肾炎中的研究鲜有报道。红斑狼疮性肾炎作为一种免疫缺陷性疾病，严重影响了患者的身体健康和生活质量。云序携手中国医科大学周华主任团队在Cell子刊“Molecular Therapy Nucleic Acids”上发表重要研究成果，首次通过全转录组测序构建了该疾病的环状RNA表达谱，并从313条差异表达结果中挑选感兴趣的环状RNA--CircHLA-C。前期，作者发现miR-150在该疾病中发挥着重要的调控作用，通过生信预测结果显示该环状能够通过竞争性吸附miR-150。
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2. 世界首篇小鼠肠道电离辐射环状RNA变化研究（影响因子：5.5）
中国医学科学院放射医学研究所刘强团队利用云序生物提供的全转录组测序服务成功揭示了circRNAs在小鼠空肠辐射后表达的变化，为研究circRNAs在辐射致肠损伤中的作用提供了靶分子。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到精准检测，生信分析可视化从宏观角度（染色体分布、成环位置）给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。筛选差异表达的环状RNA进行环状RNA定量PCR验证，GO分析揭示包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关，理论与预测完全相符。海绵机制预测ceRNA网络图，按照海绵机制的反式调控方式，该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子，以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。
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3.世界首篇小鼠脑创伤模型外泌体RNA研究（影响因子：5.2）
本研究作者真正集合了外泌体和环状RNA两大科研热点，利用云序生物提供的全转录组测序服务揭示大脑创伤外泌体中环状RNA的变化及其潜在的生物学功能。研究人员首先分离小鼠脑组织提取脑周质外泌体，通过外泌体全转录组测序检测TBI脑周组织外泌体中环状RNA的表达变化。结果发现231个差异表达的环状RNA，其中155个上调，76个下调。接下来通过生信分析如GO及KEGG分析对外泌体差异表达的环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与神经损伤修复、神经系统发育和神经信号传导等功能条目，这些分子同时主要富集在Cgmp-PKG信号通路。CircRNA-miRNA互作网络图揭示了作用的靶miRNA及可能的功能。本研究首次揭示了大脑创伤外泌体中环状RNA变化，为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子，也为大脑创伤的干预治疗提供潜在的靶点。
图3：GO Pathway分析显示环状来源基因富集到Cgmp-PKG通路和神经投射等功能
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4.世界首篇胰腺癌吉西他滨耐药机制中环状RNA研究（影响因子：3.8）
吉西他滨是一种晚期胰腺癌重要治疗药物，在疾病治疗过程中起重要作用。本篇文章作者首先获得吉西他滨的耐药细胞株，通过全转录组测序手段对比耐药细胞株和正常细胞株中环状RNA的表达谱。作者选取差异表达前10的环状RNA进行环状RNA定量PCR验证测序结果，准确性高达100%，说明测序结果真实可靠。
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4.世界首篇人胶质瘤环状RNA研究（影响因子：3.0）
胶质瘤作为最常见的颅内恶性肿瘤占颅脑肿瘤的40%~50%，电磁辐射等其他环境致癌因素会导致胶质瘤的发生，尽管手术切除、术后放疗、药物化疗等方法可以作为主流的胶质瘤治疗手段，但是多形性胶质母细胞瘤（GBM）的强侵袭、增殖能力仍给病人的治疗造成很大的困难。上海第二军医大学附属长征医院研究者通过环状RNA测序，从环状RNA角度对胶质瘤的发生发展进行了研究， 共发现206个上调环状和1205个下调环状，其中扩大样本量qPCR验证（13例正常、68例疾病）后将目标锁定在circBRAF。该环状转录自BRAF基因，虽然在正常人样本当中BRAF基因编码的环状cricBRAF分子mRNA分子水平无明显差异，但是在疾病样本当中circBRAF有明显上调，KM曲线结合临床资料表明该环状的高表达能一定程度上预示着疾病的恶性程度和预后情况。
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4.世界首篇舌癌环状RNA研究（影响因子：2.9）
人乳头瘤病毒（human papillomavirus）感染以及酗酒、吸烟等因素都有可能导致舌鳞状细胞癌（tongue squamous cell carcinoma, TSCC）的发生，恶性舌癌的增长会严重影响到病人的吞咽、呼吸、语言等正常生理功能，严重影响病人的生活质量。南通大学吴昊团队首次应用全转录组测序技术对TSCC病人的舌癌组织进行环状RNA研究，这一工作为舌癌发病机制和治疗研究提供更多理论依据和研究基础，对332个差异表达环状RNA富集分析结果表明，这些环状分子可能参与癌症相关信号通路的调控。
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二、云序生物农口环状RNA文章
人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展，农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究，证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队首次提出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用，天津医科大研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络，预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一种环境内分泌干扰物，可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的，其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。
1. 世界首篇小麦环状RNA研究（影响因子：4.5）
河南农业大学的研究团队利用云序生物提供的环状RNA测序服务，首次在小麦幼苗叶片中鉴定出大约88个环状RNA分子，而在脱水胁迫幼苗中有62个环状RNA分子存在差异表达。在脱水反应的环状RNA分子中，有6个在小麦中作为26个相应的miRNA的海绵。利用qPCR验证16个环状RNA，包括6个miRNA海绵和10个随机选择的环状RNA, 其中14个环状RNA与测序结果趋势一致，反应测序数据的真实性可靠性。GO分析和KEGG分析揭示circRNAs潜在的生物学功能，例如所涉及的参与脱水反应过程，如光合作用，叶绿素代谢，氧化磷酸化，氨基酸生物合成、代谢以及植物激素信号转导和生长素生物合成等。并且揭示了环状RNA与小麦叶片脱水抗性相关功能基因表达之间关系。
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2. 世界首篇非洲爪蟾环状RNA研究（影响因子：4.2）
莠去津（Atrazine, AZ）是一种影响两栖动物发育的环境内分泌干扰物质。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。非洲爪蟾睾丸组织云序生物全转录组测序，进行环状RNA筛选验证，生信预测发现部分差异显著的环状RNA在miRNA海绵中发挥作用。本研究首次证明AZ可以通过调节非洲爪蟾睾丸功能基因的表达来改变环状RNA，而环状RNA在发育中的雄性非洲爪蟾的AZ诱导睾丸变性中发挥作用。
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3. 世界首篇斑马鱼环状RNA研究（影响因子：3.5）
斑马鱼作为一种重要的模式生物，对于其环状RNA的研究还尚未报道。作者以雌雄斑马鱼混合组织为样品，通过云序生物提供的环状RNA测序和生物信息学服务发表了全世界首篇斑马鱼环状RNA表达谱文章。本研究共筛选到3868条环状RNA，为后续研究鱼类环状RNA的生物学功能奠定基础。
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4. 犬心房组织环状RNA鉴定研究（影响因子：2.5）
心房颤动（atrial fibrillation，AF）是一种在临床研究中常见的心律失常形式，这种心率异常可以引起或者加剧心力衰竭与缺血性发作，AF中常见的特征是心房结构性重塑以及离子通道的变化。天津医科大学研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing, RAP）犬模型的新房组织中通过全转录组测序探寻circRNA-miRNA网络的作用，实验结果表明环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中都起到重要生物学作用。
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5. 鸡白血病病毒感染致肿瘤环状RNA研究
鸡白血病病毒亚群（ALV-J）是一类逆转录病毒，该病毒会引起一种重要的感染性疾病。患病的家禽会导致产蛋率的下降，大面积影响到家禽养殖产业。感染ALV-J的鸡免疫系统会受到严重的抑制并引起多种肿瘤疾病从而产生很高的死亡率，目前还不能通过接种疫苗的方式来防御这种疾病。来自华南农业大学广东省重点实验室的研究团队通过环状RNA测序的方式研究了病毒抗性与病毒易感的鸡肝脏组织当中环状RNA的表达，发现了32个差异表达的环状分子，其中12个在ALV-J抗性样本中表达量显著升高，而20个在易感样本中表达量更高，而生信预测表明这些环状RNA分子能够调控免疫分子通路的信息传递从而改变生物体的免疫力。
“一站到底”！云序生物环状RNA研究从做谱（环状RNA测序、全转录组测序、环状RNA甲基化测序）到机制研究（RNA Pull Down、RIP），为您全方位的覆盖差异环状RNA分子筛选到下游分子机制验证的重要研究环节。此外，云序生物自行建立并维护的环状RNA数据库circDB凭借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点，支持许多客户发表环状RNA成果。在过去的时间里云序生物和各位生命科学领域的专家学者、医护工作者共同进步成长，探索未知的奥秘。回首过去，从表观遗传学到
表观转录组学，从基因组到蛋白质组，从细胞内到外泌体，云序生物依托于高通量测序技术为越来越多的临床与基础生物研究者提供了高质量的科研服务。在我们的共同努力下，相信在新的一年里云序客户会发表更多的高分文章。
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