计算机对质谱的发展一直起着巨大的影响。从数据采集到仪器操作再到数据分析，计算机在质谱发展史中的多个关键时刻都起到了积极推动作用。串联质谱和信息学的结合，使蛋白质组学能够快速将氨基酸序列与质谱图进行归属。
随着分析工具的日渐发展、数据生产数量与数据类型的逐渐多样化，计算机信息的处理能力也在不断增长以与数据发展相适应。人们正在将高级的工作流程用于处理蛋白质组实验，包括数据的搜索、定量和统计分析。如今质谱仪又增加了离子淌度这一新的维度，这为数据采集、肽段的信息注释提供了更强的分析能力。IP2是一个蛋白质组学平台，它创建了一个结合GPU搜索、灵活定量和数据统计分析的工作流程。
Technology Networks近期与John Yate教授和Robin Park博士进行了访谈,以了解有关他们所开发软件IP2的更多信息,及其在蛋白质组学研究中的作用。(https:/www.technologynetworks.com/)