蛋白质、糖蛋白、脂蛋白、酶类、补体、脂多糖、细菌外毒素和核酸等均为可溶性抗原，它们有相当部分来源于组织和细胞，成分复杂。制备这类免疫原时，首先须将组织和细胞破碎，然后再从组织和细胞匀浆中提取目的蛋白或其他抗原，提纯的抗原需鉴定后才能用做免疫原。
 
一、组织匀浆的制备
 
用于制备免疫原的材料必须是新鲜或低温保存的。材料获得后立即去除包膜或结缔组织，脏器应进行灌洗，去除血管内残留的血液，用含0.5g/L NaN3的生理盐水洗去血迹及污物；在4℃水浴或冰浴中将洗净的组织剪成0.3～0.5cm3小块，加入适量生理盐水，装入捣碎机筒内制成组织匀浆。组织匀浆经3000r/min离心10min后，上清液作为提取可溶性抗原的材料。上清液在提取前还必须进行离心去除细胞碎片及微小的组织。
 
二、细胞破碎
 
提取细胞的可溶性抗原，需将细胞破碎。根据细胞类型不同，选择破碎的方法也有一定的差异，现介绍几种常用的细胞破碎方法。
 
1、酶处理法
 
溶菌酶、纤维素酶、蜗牛酶等在一定的条件能消化细菌和组织细胞。如溶菌酶对革兰阳性菌的细胞壁有溶菌作用。酶处理法适用于多种微生物细胞的溶解，该方法具有作用条件温和、内含物成分不易受到破坏、细胞壁损坏程度可以控制等特点。
 
2、冻融法
 
细胞主要因突然冷冻，细胞内冰晶的形成及胞内外溶剂浓度突然改变而破坏。其方法是将破碎的细胞置-15～-20℃冰箱内完全冻结，然后从冰箱取出，让其在30～37℃中缓慢融化。如此反复两次，大部分组织细胞及细胞内的颗粒可被破。此法适用于组织细胞，对微生物的细胞作用较差。
 
3、超声破碎法
 
这是利用超声波的机械振动而使细胞破碎的一种方法。由于超声波发生时的空腔作用（cavitation），使液体局部减压，引发液体内部流动，在漩涡生成与消失时，产生很大的压力而使细胞破碎。超声波所使用的频率从1～20kHz不等。进行超声破碎时，需间歇进行，避免长时间超声产热，导致抗原破坏。也可将超声粉碎的细胞置于冰浴降温。超声破碎细胞，方法简单，重复性较好，且节省时间。微生物和组织细胞的破碎，均可采用此方法。
 
4、表面活性剂处理法
 
在适当的温度、pH及低离子强度的条件下，表面活性剂能与脂蛋白形成微泡，通过细胞膜的通透性改变使细胞溶解。常用的表面活性剂有十二烷基磺酸钠（SDS阳离子型），新洁尔灭，Triton X-100等。如将大肠杆菌湿菌体1g，加入2%浓度的Triton X-100作用60min，可使绝大多数大肠杆菌的菌体裂解。此方法作用比较温和。在提取核酸时，常用此法破碎细胞。
 
三、蛋白质的提纯
 
蛋白质纯化方法属于生物化学技术，本章只作较简要介绍