肠道病毒属于微小RNA病毒，包括脊髓灰质炎病毒1、2、3型，柯萨奇病毒，艾可病毒和新型肠道病毒（现称肠道病毒）68-71型几类。这些病毒虽名为肠道病毒，传播方式与病毒性胃肠炎相同均为粪—口传染，都以儿童感染特别是托儿机构集体感染为主，开始致病也在肠道，但病毒可通过血循环到达全身，引起全身症状。而肠道本身，特别是小肠病变不明显，基本不引起腹泻，而是以咽炎，皮疹，手足口病，呼吸道感染，心肌炎，中枢神经系感染等各种各样感染为主。这点与病毒性肠炎有显著不同。如此前安徽阜阳流行的肠道病毒71型感染表现为手足口病，少数严重者有无菌性脑膜脑炎，无菌性脑炎、心肌炎等，并不出现腹泻。严格地说，这种病应称为肠道病毒71型感染，手足口病仅是它的一个临床症候群。

　　肠道病毒有许多血清型，不少型都可引起手足口病，除71型外，其他如柯萨奇A10、A16均可导致手足口病。每种肠道病毒同时可引起不同症状群，如肠道病毒71型除可引起手足口病外，还可致中枢神经系统病变，柯萨奇A22型可同时引起前角灰质炎及呼吸道疾病等。这个特点与病毒性肠炎病毒感染是完全不同的。另一个不同点是肠道病毒感染的传染源只是病人及无症状带毒的人，而病毒性胃肠炎病毒除肠腺病毒外，其他几个病毒都可感染动物。