RNA点杂交实验
实验概要
了解RNA点杂交实验，包括纯化的RNA的点杂交和狭线杂交，RNA斑点印迹。
实验步骤
纯化的RNA的点杂交和狭线杂交：
1. 安装印迹装置
1) 切一张合适大小的带正电荷尼龙膜。用铅笔标上表示方向的记号。用水把膜简单弄湿，在20×SSC中室温泡1 h。
2) 在膜浸泡期间，先用0.1 mol/L NaOH小心清洗印迹装置，再用无菌水洗干净。
3) 把两片厚滤纸用20×SSC浸湿，再放到真空器顶部。
4) 把样品槽插入装置的上部，把湿尼龙膜放在样品槽加样孔的底部，用吸管在膜的表面滚动以去除膜与装置夹层中的气泡。
5) 加紧夹板，连接真空管。
6) 加入10×SSC直至液面没过尼龙膜，关掉真空，再用10×SSC充满。
2. RNA样品准备
1) 把每个RNA样品（溶解在10μl水）分别与30μl RNA变性液混合。
2) 65℃温育5 min，然后在冰上冷却。
3) 向每个样品中加入等体积20×SSC。
4) 轻轻向印迹装置中吸入10×SSC，直到淹没尼龙膜。
3. RNA样品的印迹和RNA在膜上的固定
1) 把所有样品轻轻加入狭线中，然后轻轻吸干膜。当所有样品都铺到膜上后，每个狭线用1 ml 10×SSC洗两次。
2) 当第二次洗膜完成后，继续轻轻吸干膜。
3) 取下膜，用紫外交联、烘烤或微波照射把RNA固定在膜上。
4. 固定化RNA的杂交与洗膜
1) 把膜放入烤盘或杂交炉中，加入10~20 ml预杂交液68℃温育2 h。
2) 把已变性的放射性标记的探针直接加到预杂交液中。在适当的温度下继续温育12～16 h。
3) 杂交完后从塑料袋中取出膜，然后尽可能快地把膜转移到室温下装有100～200 ml、1×SSC（0.1% SDS）的塑料容器中。盖紧塑料容器，放到摇床上轻摇10 min。
4) 把膜转移到另一个装有100～200 ml、预热到68℃的0.5×SSC（含0.1% SDS）的塑料袋中，然后在此温度下轻摇10 min。
5)重复洗膜两次，使总的洗膜次数达到三次。
6) 用滤纸吸干膜，在-70℃条件下放射自显影24～48 h（Kodak XAR-5 或相当的胶片）。钨酸盐型的增感屏比旧式稀土型的效果更好。当然，磷光成像仪也可以用来成像。
RNA斑点印迹的制备：
1．裁一张大小合适的滤膜，用软铅笔标记RNA加样的位置，一个cm的方格即可。
2．以20×SSC浸泡滤膜。
3．在65℃用以下溶液温育5min，使10～20μg的总RNA变性。
总RNA（10～20μg） | 2.0μl |
变性液 | 6.0μl |
置冰浴快速冷却5min，用微量离心管离心片刻以回收液滴，将管置于冰浴。
4．将滤膜铺在一叠经20×SSC浸泡过的滤纸（如Whatman 3MM）上。
5．在膜上点样，每孔4μl RNA，待一孔干燥后再加另一孔。
6．将滤膜置滤纸（3MM）上稍微晾干，用20×SSC漂洗片刻。
7．当滤膜仍潮湿时，将滤膜RNA面朝下在紫外线透照仪照射3～5min，使RNA固定于滤膜上，此滤膜已可用于杂交。
