凝血酶原(Ⅱ，prothrombin)是含582氨基酸残基的酶原，被因子Xa在Arg－Thr及Arg－Ile处切开，切除N?端274个氨基酸残基，余下308个氨基酸残基分成A、B两条肽链，由一个二硫键相连，即为凝血酶(thrombin)。因子Va无酶活性，但可使Xa的活性增强350倍，加速凝血酶的生成。磷脂胶粒与酶(Xa)和底物(凝血酶原)之间借Ca++作为桥相连。因凝血酶原肽链的N?未端含有10个γ?羧基谷氨酸残基。相邻的羧基可与Ca++形成复合体。另一方面，Ca++又可与磷脂中磷酸基结合，这样使Xa和Va与凝血酶原接触在一起，于是Xa将凝血酶原水解为凝血酶凝血酶原及因子Ⅶ、Ⅺ、Ⅹ均由肝合成，合成过程中需要维素K作为辅因子。缺乏Vitk则生成异常凝血酶原，只有正常活性的1?%。研究表明Vitk参与凝血酶原γ?羧基谷氨酸的生成。Vitk参与羧基化的机理为：氢醌型Vitk在酶的催化下夺去γ?C上的一个质子，使γ－C呈阴离子，而和CO2结合。2，3?环氧Vitk则在酶催化下被硫辛酸还原而重复利用，因而Vitk在此羧化反应中起辅酶的作用。

　　凝血酶原基因位于第11号染色体，基因长21kb，有14个外显子和13个内含子，其mRNA为2kb.合成622个氨基酸的肽链，其中前导肽43个氨基酸，在分泌过程中裂解。虽然正常凝血酶原的核苷酸顺序和氨基酸顺序已经阐明，但其基因变异的研究没有FⅧ和FⅨ深入。凝血酶原异常有钙离子联结部位的缺陷，FⅩa裂解的缺陷和生成凝血酶活性的缺陷。与FⅧ和FⅨ相似，发生在CpG二核苷酸序列的突变更多见，单个氨基酸的取代可以发生在影响被FⅩa裂解的部位，酶活性的部位以及钙联结部位。