mFISH是在荧光原位杂交基础上发展起来的新技术，它不仅具有FISH的优点，而且克服了FISH的许多局限，其最大特点是可将多次繁顼的FISH实验和多种不同的基因定位在一次FISH实验中完成。mFISH能同时检测多个基因，分辨复杂的染色体易位和微小缺失，区分间期细胞多倍体和超二倍体等。mFISH用激发光谱和吸收光谱不同的荧光索按一定调色方法标记不同的探针，从而对不同靶DNA同时进行定位和分析，并能对不同探针在染色体上的位置进行排序。

探针荧光素颜色调配的方法有非调色法，混合调色法和比例调色法。这3种调色法中，比例调色法只需要极少几种荧光素就可标记多种探针，因而更有发展潜力。染色体描绘（chromosome painting），比较基因组杂交（comparative genomic hybridization，CCH）、光谱染色体自动核型分析（speetral karyolyping.，SKY）、交叉核素色带分析（cross-species colorbanding，Rx-FISH）和多彩色原位启动标记（mulicolor primed in situ labeling，mulicolor PRINS）等技术都是在mFISH的基础，上发展起来的。