（二）云序客户m6A RNA甲基化修饰表达谱，一次测序两篇文章

疾病：胃癌
样品：胃癌组织vs癌旁组织（6 vs 6）
研究方法：m6A-MeRIP-Seq，RNA-seq


4. m6A修饰对其修饰基因在胃癌中的异常表达及预后的潜在影响
发表杂志：Frontiers in Genetics
影响因子：3.258
发表日期：2020.11.4
文章链接：The N6-Methyladenosine Features of mRNA and Aberrant Expression of m6A Modified Genes in Gastric Cancer and Their Potential Impact on the Risk and Prognosis
虽然已知n6 -甲基腺苷(m6A) mRNA甲基化与肿瘤发生密切相关，但其在癌症发生发展中的作用还不清楚。本研究通过测序鉴定m6A修饰基因在胃癌中的表达进一步探讨其对胃癌发展和预后的潜在影响。通过云序生物提供的m6A-MeRIP-Seq对三对胃癌和癌旁癌组织进行测序分析并结合TCGA数据进行临床、病理相关及生存分析，发现m6A修饰保守序列GGACAR (R = U或A) C在胃癌组织和癌旁组织中是一致的。对于大多数样本中m6A峰在编码序列3’UTR更富集。mRNA中m6A修饰水平较高的基因主要富集在致癌进程的转录调控紊乱中，而甲基化修饰水平较低的基因主要调控蛋白质的消化吸收。在GC和配对的癌旁组织中存在差异的m6A修饰基因，这些基因主要富集在转录调控紊乱和蛋白质的消化/吸收通路中。m6A修饰在胃癌中具有下调和上调基因，可能在胃癌发生过程中发挥重要作用，影响胃癌的发病风险和预后。

 
5. 胃癌中lncRNA m6A甲基化修饰与lncRNA/mRNA表达联合分析
发表杂志：Cancer Cell International
影响因子：4.175
发表日期：2020.9.25
文章链接：Joint analysis of lncRNA m6A methylome and lncRNA/mRNA expression profles in gastric Cancer
N6-methyladenosine (m6A)修饰可能与胃癌的发生发展密切相关。目前，通过对胃癌相关的基于长链非编码RNA(lncRNAs)的m6A RNA甲基化进行高通量检测的研究仍然有限。通过云序生物提供m6A-MeRIP-Seq对三对胃癌和癌旁癌组织进行测序然后依次进行共表达分析和基因富集分析。在GC中鉴别出191个差异值m6A甲基化lncRNA, 240个差异lncRNA, 229个差异mRNA表达。此外，筛选了既发生差异甲基化又发生差异表达的lncRNAs (DME-lncRNAs)，包括RASAL2-AS1、LINC00910、SNHG7和LINC01105。通过共表达分析探讨其潜在靶基因。基因富集分析表明，它们可能影响参与有丝分裂和细胞周期的细胞过程和生物学行为。在GC中发现的4种新型DME- lncRNAs，它们可能对GC细胞增殖起调控作用。本研究将为lncRNA 基于m6A甲基化修饰的胃癌病因和发病机制研究提供线索。

总结
以上两个案例均是云序客户的MeRIP测序结合全转录组测序，利用相关测序分析数据得到的成果。实现一次测序3套数据的超值性价比，从而检测出的circRNA，lncRNA，mRNA修饰情况，进一步深度挖掘不同分子的RNA修饰机制。