临床标本检到革兰阳性球菌、触酶阴性，除链球菌属外，尚有6个菌属，是： 
肠球菌属 Enterococcus 
乳球菌属 Lactococcus 
无色藻菌属 Leuconostoc 
平面球菌属 Pediococcus 
孪生球菌属 Gemella 
气球菌属 Aerococcus 
在鉴别上述菌属时，关键是：①革兰染色。上述菌属的革兰染色特性相似，若从琼脂平板上涂片染色，无色藻菌属中某些菌种的形态呈现球杆形、杆形，容易与乳杆菌属菌种相混淆，后者触酶亦阴性。若生长在盐肉汤涂片，最容易出现不一致性。②触酶试验。目的是与葡萄球菌属和口腔球菌属鉴别。属间鉴别参见下表。  
表 触酶阴性或弱阳性的革兰阳性球菌的鉴别特征 
  
菌属  试 验 a   
  形 态 万古霉素 
片  葡萄糖产气      ％  ℃生长  ℃生长    
  链状 成对 四联 成簇                 
链球菌属 + + - - S - - b + - V -   
肠球菌属 + + - - S - + + + + + c   
乳球菌属 + + - - S - - b + V - +   
气球菌属 - + + + S - + - + - -   
孪生球菌属 + + + + S - + V - - -   
平面球菌属 - + + + R - - + V + -   
无色藻菌属 + + - - R + - - V - +   
注：a．S，敏感；R，耐药；+，阳性反应；一，阴性反应；V，反应不定(有些菌株+，另外菌株-) 
b．化脓链球菌和L-garviae可阳性。 
c．偶尔例外。 
(二)属内鉴别 
链球菌属内鉴别，首先观察在血液琼脂平板上的溶血环，是β溶血型，或非β溶血型，参照这二类溶血型菌种的鉴别。 
1．β溶血链球菌的鉴定：β溶血型链球菌的鉴定都是检测特异多糖抗原称为链球菌群多糖抗原来分群，可采用商业性试剂盒，当前血清学诊断方法尚未普及之前，传统的对β溶血链球菌的鉴别仍是需要的。 
A、B、D、G群细菌，一般可用杆菌肽、CAMP、胆汁七叶苷及PYR、VP等试验区别 (见表)。 
表 β溶血链球菌的鉴别特征 
  
血清学分群 种 名 吡咯烷酮酶 VP CAMP 七叶苷 杆菌肽敏感 蕈糖 黄色素 山梨醇   
A 化脓链球菌 + - - - + + - -   
B 无乳链球菌 - + + - - + + -   
C 马链球菌 - - - D - - - -   
C 似马链球菌 - - - - - + - -   
C 兽疫链球菌 - - - D - - - +   
G LancefieedG群 - - - + - -   
A,C,F,G或未分群 咽峡炎链球菌 - + - + - - -   
注：a．+，阳性；一，阴性；d，不同菌株。 
 b．有人认为咽峡炎链球菌与米勒链球菌是同义词。 

2．非β溶血链球菌鉴别 
肺炎链球菌的鉴定：生长在血琼脂平板上的菌落细小，圆形，表面光滑、灰白色、边缘整齐，半透明，开始扁平以后中心塌陷，呈脐窝状。菌体呈矛头状成双排列。该菌对Optochin敏感和胆汁溶菌试验阳性。 
3．牛链球菌的鉴定：具有D群多糖抗原，6.5％NaCl不生长，PYR阴性，胆汁七叶苷阳性，与其他草绿色链球菌鉴别见下表。 
表 非β溶血型链球菌的鉴别 
  
菌种／群  试验   
  Optochin敏感 胆汁溶菌 胆汁 
七叶苷 6.5％NaCl肉汤 吡咯烷酮酶 卫星现象 CAMP 血清群   
肺炎链球菌 + + - - - - - -   
牛链球菌 - - + - - - - D   
无乳链球菌 - - - - - + B   
草绿色链球菌 - - - b - - - - -   
营养变异链球菌 - - - - + + - -   
注：a. +，阳性反应；-，阴性反应；土，有些菌株阳性，另外菌株阴性。 
b. 偶见例外。 

营养变异链球菌是草绿色链球菌的营养变种，在普通肉汤或琼脂平板上生长不良(通常发现在血液培养瓶中)。若培养基中加入吡哆醛或做“卫星现象”试验容易被发现，有二个种，即缺陷链球菌S．defectivus，毗邻链球菌S.adjacens。 
草绿色链球菌的鉴定：革兰阳性球菌，触酶阴性，非β溶血、胆汁溶菌阴性，Optochin阴性，不存在B、D群抗原，6.5％NaCl肉汤不生长，PYR阴性，10℃，45℃不生长，胆汁七叶苷阴性，万古霉素敏感。该类链球菌种较多，目前临床仅鉴定到群，参见下表。 
表 草绿色链球菌的鉴定 
  
种群  试 验 a   
  甘露醇 山梨醇 VP 精氨酸 七叶苷 脲酶   
变异链球菌群 c + + + - + -   
唾液链球菌群 - - + - + 土   
血液链球菌群 - - b - + + -   
缓症链球菌群 - - - - - -   
咽峡炎链球菌群 - b - b + b + + -   
注： a．+，阳性反应；一，阴性反应；土，有些菌株阳性而另外菌株阴性。 
b．偶见例外。 
c．变异链球菌群包括：仓鼠、道尼、野鼠，猕猴、鼠亲缘链球菌，唾液链球菌群包括：肠、前腔链球菌，血液链球菌群包括：戈登、H．W群链球菌，缓症链球菌群包括：温和、口腔、血链球菌生物'型链球菌，咽峡炎链球菌群包括：中间、星座、米勒链球菌。 

咽峡炎链球菌是未分群的链球菌，被认为是“米勒链球菌”的同义词，有β溶血的菌种，属于A、C、F、G群，也有非β溶血菌种，在A、C、G群链球菌中有小菌落型菌株。非β溶血，带有相同的Lancefield抗原，属于草绿色链球菌(“米勒”群)细菌，有3个种；米勒链球菌、中间链球菌、星座链球菌。