溃结病因虽未完全阐明，多数学者认为与遗传因素、免疫功能障碍、感染及精神因素等有关。近年许多学者对自体免疫障碍更为关注。其理由有：

　　1、采用免疫方法，已成功的造成了实验性溃结模型。

　　2、患者血清中有非特异性抗结肠黏膜抗体（ACA），并与大肠埃希杆菌O14型有交叉免疫反应，推测当患者重复感染此菌后，可诱导体内产生对自身结肠上皮有杀伤作用的抗体、免疫复合物或免疫淋巴细胞。

　　3、用荧光免疫法可显示溃结黏膜内有IgG、IgM、补体与纤维蛋白原沉积的免疫复合物。

　　4、溃结患者常伴有肠外自身免疫性病症如关节炎、强直性脊椎炎、皮疹、红斑、眼色素层炎、虹膜炎、胆管周围炎等。

　　5、肾上腺皮质激素和免疫抑制药常用于自身免疫疾病的治疗，在溃结的患者应用这类药物后，病情也常得以缓解。

　　中医学（病因）

　　中医学认为，非特异性溃疡性结肠炎的病因与感受外邪，损伤脾胃，酿生湿热；饮食内伤，脾失健运，湿浊内生，郁而化热；情志失调，郁怒伤肝'肝失疏泄，横逆犯胃等因素有关。以脾胃虚弱，正气不足，湿热壅阻'气机失调，影响大肠转化功能失常而发病。后期脾虚及肾，脾肾阳虚，因果相加，迁延难愈。