第一、微区性、 微量性：几个立方μm范围能将微区化学成分与显微结构对应起来。而一般化学分析、 X射线荧光分析及光谱分析等， 是分析样品较大范围内的平均化学组成，也无法与显微结构相对应, 不能对材料显微结构与材料性能关系进行研究。

　　第二、方便快捷：制样简单，分析速度快。

　　第三、分析方式多样化：可以连续自动进行多种方法分析，如进行样品X射线的点、线、面分析等。自动进行数据处理和数据分析。

　　第四、应用范围广：可用于各种固态物质、材料等。

　　第五、元素分析范围广：一般从铍(Be4 )——铀(Ｕ92)。因为H和He原子只有K 层电子， 不能产生特征X 射线， 所以无法进行电子探针成分分析。锂(Li) 虽然能产生X 射线， 但产生的特征X 射线波长太长， 通常无法进行检测， 电子探针用大面间距的皂化膜作为衍射晶体已经可以检测Be元素。

　　第六、不损坏样品：样品分析后， 可以完好保存或继续进行其它方面的分析测试， 这对于文物、 古陶瓷、 古硬币及犯罪证据等稀有样品分析尤为重要。

　　第七、定量分析灵敏度高：相对灵敏度一般为（0.01－0.05）wt%，检测绝对灵敏度约为10 -14 g，定量分析的相对误差为(1—3)%。

　　第八、一边观察一边分析：对于显微镜下观察的现象，均可进行分析。