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肽适配体的亲和力成熟实验

2020.8.24

实验方法原理



实验材料 质粒 DNA酵母株

试剂、试剂盒 Taq 聚合酶10×缓冲液引物 dATPdGTP dCTPdTTPMgCl2 MnCl2完全极限(CM) 缺失成分培养基和平板Xgal 平板

仪器、耗材 PCR 管PCR 纯化柱自动热循环器 30℃ 培养箱

实验步骤

实验所需「材料」、「试剂」、「耗材」具体见「其他」


1. 制备 PCR 预混合物(共 3.775 ml):

500 ul 10×Taq 聚合酶缓冲液

5 ul 1 mol/L MgCl2

10 ul 100 mmol/L dATP

10 ul 100 mmol/L dGTP

50 ul 100 mmol/L dCTP

50 ul 100 mmol/L dTTP

125 ul 20 umol/L 引物 1

125 ul 20 umol/L 引物 2

2.9 ml 水


2. 对每一个样品,加入下列试剂到 PCR 管中:

12 ul 水

1 ul 肽适配体表达载体

10 ul Mg2+/Mn2+ 溶液

76 ul PCR 预混合物

1 ul Taq 聚合酶(5 U)


3. 用下列 PCR 反应程序进行扩增反应:

4 个循环:

30 s 95℃ (变性)

1 min 55℃ (复性)

1 min 72℃ (延伸)


4. 移出 13 ul 反应混合液到一新的 PCR 管中,新管中预先吸入:

10 ul Mg2+/Mn2+溶液

76 ul PCR 预混合物

1 ul Taq 聚合酶

用同样的 PCR 程序扩增。


5. 重复总共 10 轮的扩增。


6. 用 PCR 纯化柱或琼脂糖凝胶电泳纯化 PCR 产物。


7. 用 Ava II 消化纯化的 PCR 产物,然后按照标准的亚克隆技术将其亚克隆到经 II 酶切过的 PJM-I1中。


8. 用乙酸锂酵母转化法将 pBait 和 pBR1840 转入 EGY48 中。在 10 cm Glu/CM-His、-Ura 平板上筛选转化株。


9. 用高效乙酸锂方法将 10~50 ug 突变的肽适配体库转化含 pBait 和 pBR1840 的 EGY48。在 10 cm Glu/CM-His、-Ura、-Trp 平板上筛选转化株。


10. 收集转化株,测定平板效率。


11. 接种约 5 个库等价物到 1 ml Gal/Raf/CM-His、 -Ura、-Trp 液体培养基中。于 30℃ 振荡培养 4 h。


12. 室温下,于 3000 g 离心 4 min。弃上清,将酵母沉淀重悬于 1 ml 无菌水中。


13. 将酵母涂布到 15 cm Gal/Raf/CM-His、-Ura、-Trp, X-gal 平板上,于 30℃ 培养至克隆出现(约 2 天)。


14. 将蓝色克隆划线接种到一 10 cm Glu/CM-His、-Ura、-Trp 主平板上并于 30℃ 培养 1 天。


15. 将主平板复印到 10 cm Gal/Raf/CM-His、-Ura、-Trp、X-gal 平板和 Glu/ CM-His、 -Ura、-Trp、X-gal 平板上。


16. 从依赖半乳糖的蓝色克隆中回收质粒并重新导入,含有 pBait 和 pBR1840 的酵母株 EGY48 中以再次验证表型。


17. 从依赖半乳糖的蓝色克隆中回收质粒并对可变区进行测序。

 

注意事项

其他

1. 材料

质粒 DNA:肽适配体质粒,pBait,pJM-1, pRB1840(1-LexAop-LacZ 报道质粒)和 pJK103

酵母株:EGY48 Mata ura3 trpl his3 3LexA-operator-leu2


2. 试剂

5 U/ul Taq 聚合酶和 10×缓冲液(Life Technologies)

1 mol/L MgCl2

100 mmol/L dATP

100 mmol/L dGTP

100 mmol/L dCTP

100 mmol/L dTTP

20 umol/L 引物 1: 5'-CCGCCGCCTGAATTCATGAGCGATAAAATTATTCAC-3'

20 umol/L 引物 2: 5'-CGGGGCGATCATTTTGCACGGACC-3'

Mg2+/Mn2+ 溶液:45 mmol/L ,MgCl2 和 5 mmol/L MnCl2

PCR 纯化柱(可选;如 Qiagen)

完全极限(CM) 缺失成分培养基和平板,补加 2% (m/V) 葡萄糖 (Glu) 或 2% (m/V) 半乳糖和 1% im/V) 棉籽糖 (Gal/Raf):

Glu/CM-His、-Ura (10 cm 平板)

Glu/CM-His、-Ura、-Trp (10 cm 平板)

Gal/Raf/CM-His、-Ura、-Trp (液体培养基)

Xgal 平板

Glu/CM-His, -Ura, -Trp, X-gal (10 cm 平板)

Gal/Raf/CM-His, -Ura, -Trp, X-gal (10 cm 和 15 cm 平板)


3. 耗材

PCR 管

自动热循环器

30℃ 培养箱


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