嗜肺军团菌是一种细胞兼性寄生的细菌，可入侵变形虫，或是人类的巨噬细胞内。该菌的感染力在抗体和血清补体存在下大大提高（但并非绝对需要两者存在）。该菌会因噬菌作用被伪足包裹进入巨噬细胞，之后，菌体被细胞产生的自噬体包裹起来，这却阻止了溶酶体的溶解。在这层保护之下，细菌大量繁殖。该菌利用一种型为IVB的分泌系统分泌的名为Dot/Icm（细胞器运行缺失/细胞内繁殖）宿主入侵效应蛋白。这些效应器可以提升细菌在宿主细胞的存活力。该菌会在培养液里由II型分泌系统产生一种大小约为39kDa的金属蛋白，这种蛋白对某些组织培养的细胞有毒害。II型分泌系统也是完全毒化作用的必需。

　　1976年，美国宾夕法尼亚州的费城举办了一次退伍军人会议，参加者中超过200人发生肺炎，其中34人遇难。经查明，这次事件的元凶是一种当时尚未发现的细菌——嗜肺军团菌（该病也因此命名为军团病）。这次事件反映了嗜肺军团菌并非小面积的人与人的传染。