用分子生物学方法检测血管组织中Cpn，结果取决于样本收集和操作、引物设计、核酸抽提、扩增物的检测以及假阳性、假阴性结果的预防与鉴别等环节。最常用的引物是omp1、16SrRNA、3SrRNA、Cpn特异性克隆PstI片断等，测定扩增产物多应用琼脂糖电泳、Southernblot、EIA、聚丙烯酰胺胶电泳等。目前分子诊断技术中已有聚合酶链反应（PCR）、套式聚合酶链反应（nPCR）、连接酶链反应（LCR）、转录介导扩增试（TMA）、基因探针杂交等方法。作为分子生物学方法，PCR法具有快速、简便、灵敏的特点，是Cpn诊断的发展方向。总之，分子生物学方法具有快速、简便、灵敏的优点，是Cpn感染诊断的重要手段。很多学者建议将各种分子生物学方法之间或与其他诊断方法联合应用，并且证明了联合应用能提高Cpn感染诊断的敏感性。如PCR与ELISA联合应用的方法诊断Cpn感染的敏感性高于免疫荧光法、传统PCR法以及ELISA法。此外，其中基因探针杂交和LCR单独使用灵敏度不足，宜与PCR联合应用。nPCR不仅特异性与灵敏度颇占优势，而且由于无须增添任何设备，能开展PCR检测的单位均可实施，是较为适合国情的方法。