如果肝功能正常，不需服药，一般也不要手术切除。除非巨大囊肿，出现压迫症状者可以手术切除。如果一旦囊肿并发细菌感染，可先用抗生素治疗，如果还是不能控制炎症，可作所谓“开窗”术。即将囊壁切去一块，引流其中液体。这种手术对身体健康影响不大。近年来有人主张将95%酒精注入囊肿，达到闭塞囊肿的目的。比较常见的肝肾囊肿大多是非寄生性，单发和多发的孤立性肝肾囊肿，与先天性的多囊肝有所不同，后者常伴有肾或其他脏器的多囊症，约50%伴有多囊肾，多囊肝的囊肿可满布肝脏，有些病人常以上腹肿块为首发症状，终末期出现腹水，门脉高压等肝功能不全的症候。

　　随着B超等影像学诊断方法的广泛应用及其对肝肾囊肿的发现，肝肾囊肿由过去认为少见而一跃成为常见病。单发或多发孤立性肝肾囊肿多为良性疾病，预后良好。囊肿大小不等，大者直径可达数十厘米，内含2000毫升以上囊液，小者只数毫米。多数病例囊肿发展缓慢，或发展至一定程度即停止。大多数无甚临床症状，在体检做B超时偶然发现。如囊肿较大，或有合并症，如囊内出血，继发感染，可有肝区疼痛或上腹痛及发热等感染症状。因囊肿过大压迫邻近器官，也可有腹痛，呕吐，黄疸等症状。大多数肝肾囊肿无需治疗，如囊肿出现压迫症状，可采用B超指引下囊肿穿刺抽液，减压，缓解压迫症状，为了预防囊液再次发生，可在囊内注射无水酒精硬化治疗。

　　手术治疗：除非病变局限于肝的一叶，且伴有症状；或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别囊肿增大迅速，压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的囊肿进行反复穿刺抽液。

　　若出现症状（如腰痛、血尿、高血压、肾功能衰竭等），则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。根治的方法需要肾移植。

　　人们所讲的肝囊肿通常指非寄生虫性肝囊肿。其真正的发病率尚不清楚，目前临床上的病理有增多的趋势，其原因与B超、CT等影象学诊断方法普及有关。