非痢疾性阿米巴病常误诊为肠道激惹综合征，局限性肠炎或憩室炎。阿米巴痢疾可与细菌性痢疾，沙门菌病，血吸虫病或溃疡性结肠炎相混淆。与细菌性痢疾相比，阿米巴痢疾的大便粪质较多，次数和水分均较少。其特征是含有坚韧的粘液和新鲜及变性的血液小片。不同于细菌性痢疾，沙门菌感染和溃疡性结肠炎，阿米巴粪便不含有大量白细胞。

　　肝阿米巴病和阿米巴脓肿必须与细菌性肝脓肿和感染性肝棘球蚴囊肿等其他肝脏感染鉴别。

　　在大便或组织内发现溶组织内阿米巴可确诊肠阿米病。诊断要求检查3-6次粪便标本和浓集方法。抗生素，抗酸药，止泻药，灌肠剂和肠道放射造影对比剂均可干扰原虫的检查，因此要在粪检后才能综上述药品。溶组织内阿米巴应该与非致病性阿米巴和结肠内阿米巴鉴别。

　　有症状的病人在直肠镜下可见烧瓶样粘膜病变，吸出病变材料作显微镜检查可见滋养体。取自直肠乙状结肠病变处的活检标本也可发现滋养体。

　　肠外阿米巴病的诊断较难，粪检通常阴性，从吸出的脓液查见滋养体也不多见。用杀阿米巴药物作诊断性试验治疗是诊断阿米巴肝脓肿最有用的诊断手段。几乎所有阿米巴肝脓肿病人的血清学试验均为阳性，阿米巴痢疾患者的血清学阳性率可达80%以上，无症状带虫者的阳性率仅10%左右。间接血凝试验和酶联免疫吸附试验（ELISA）是可用的最敏感的试验。抗体滴度可持续数月或数年。

　　肝脓肿时，X线检查可显示右侧横膈抬高和固定或呼吸运动减弱。放射性同位素肝扫描或CT扫描检查可显示脓肿的大小，而超声扫描可见其中充满液体。碱性磷酸酶可升高。脓肿>10cm，怀疑脓肿将立即穿破或经5天药物治疗反应不佳者，可考虑针刺抽液。脓肿内含黄色至巧克力棕色的半液体状的粘稠物质。针刺活检可见坏死组织，脓液中很难找到活动的阿米巴，也无包囊。